Esta célebre pintura se trasladó al Museo Reina Sofía en 1992, y el Casón, tras años de obras, se ha reabierto como Centro de Estudios del Museo en 2009, mientras que las colecciones del siglo XIX se han reubicado en la sede principal del Prado gracias a la ampliación de Rafael Moneo.
Estas pinturas habían pertenecido al Museo de Arte Moderno, creado en 1894.
Con el constante aumento de fondos de aquel, en 1971 se decidió devolver las pinturas del siglo XIX al Prado y dejar las restantes, del siglo XX, en un nuevo edificio construido en la Ciudad Universitaria, el Museo Español de Arte Contemporáneo (MEAC) (este museo se transformaría en 1988 en un nuevo museo, el Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía, trasladándose en 1992 a su actual ubicación).
Sin embargo, el funcionamiento del edificio no arrancó hasta 2009.
Para celebrar públicamente la restauración del Casón, se abrió una muestra sobre Luca Giordano en el Prado que se alojó bajo la bóveda obra del pintor y que coincidió con la publicación de un libro sobre la historia del edificio y, a continuación, veía la luz un catálogo razonado de la obra de Giordano en la institución.
Este centro recibió una aportación extraordinaria al donar el rey Juan Carlos el importe íntegro del premio que le otorgó la Mutua Madrileña (750 000 €) al Museo y destinarlo este a tal fin.
Cuenta con libros sobre pintura, dibujo e iconografía, escultura y artes decorativas, en un arco que abarca desde la Edad Media hasta el siglo XIX.