Regresó a su ciudad natal, y poco después fue nombrado protomédico de la provincia por el gobernador Manuel López.
En 1858 fue elegido diputado al Congreso Nacional en Paraná, y se destacó por su oposición a las políticas del gobierno de la Confederación Argentina.
Posse renunció al ministerio, denunciando que el general invasor pretendía hacerse elegir gobernador titular.
En junio de 1862 el ejército de ocupación al mando del general Wenceslao Paunero abandonó Córdoba, aunque varias fracciones del mismo permanecieron en la zona, colaborando en la lucha contra el Chacho Peñaloza.
La legislatura se negó a respaldar al gobernador, de modo que este renunció.
En su lugar, fue elegido como gobernador interino el santiagueño Pío Achával, que recibió en la capital al general Peñaloza y su ejército.
La guardia civil provincial arrestó a Posse en la casa de Laspiur – por ese entonces juez federal – por considerarlo responsable de la revuelta, y mientras era conducido a la cárcel, súbitamente fue detenido por otro grupo, cuyo oficial ordenó su fusilamiento.