Fue nombrado en honor a su ancestro, el Duque Juan II de Schleswig-Holstein-Sonderburg.
[1][2] Por deseo de su primo el rey Cristián VIII, el Príncipe Juan en un principio se alistó en el Ejército prusiano en 1842 y tras su graduación fue nombrado Teniente Segundo del 27º Regimiento de Infantería Prusiano en Magdeburgo.
[3] Continuó sirviendo en varios departamentos y fue promovido a Rittmeister en 1854.
Al año siguiente fue nombrado Mayor à la suite y fue a Dinamarca, asentándose en Copenhague.
[4] Juan murió soltero en 1911, sobreviviendo al resto de sus hermanos.