[1] Políticamente, evolucionó desde posturas moderadas hacia visiones cada vez más radicales y comprometidas con el mundo popular.
Permaneció 43 días en la cárcel por este incidente, al igual que la directiva de su partido.
Respecto al gobierno de José Manuel Balmaceda Allende fue, en un inicio, rudamente crítico.
[4] Tras la caída del gobierno, el escritor, junto con su hermano Pedro, cayeron en prisión y se les anunció que serían colgados en la Plaza de Armas.
La reciente ejecución en Valparaíso de otro periodista del bando caído en desgracia, Rodolfo León Lavín, había causado cierto escándalo entre las influyentes colonias extranjeras residentes, que veían con preocupación que se comenzara a fusilar intelectuales y reos por delitos de expresión.
Tras un permanencia en la cárcel, Allende partió al autoexilio a Argentina, Perú, Ecuador y Colombia.
En 1894 fue nuevamente apresado, durante las detenciones masivas que se realizaron con motivo del estado de sitio decretado ese año.
En sus últimos años recibió algún grado de reconocimiento del mundo sindical y popular.
En 1910, un año después de muerto el escritor, operaba un "Centro Dramático Juan Rafael Allende" en Iquique.
En 1884 fundó El Padre Padilla, al que siguió en 1890 Don Cristóbal y Pedro Urdemales (periódico).
Durante estos años Allende se manifestó en abierta actitud de crítica al presidente José Manuel Balmaceda.