[9]​ Tras la expulsión de los jesuitas del Imperio español en abril de 1767, ordenada por el rey Carlos III mediante la Pragmática Sanción, el templo quedó abandonado hasta el primer lustro del siglo XIX, cuando el sacerdote Manuel Vicuña Larraín se hizo su capellán y lo habilitó para el culto.

Cerca de las 18:45, comenzó el fuego que se extendió velozmente por el templo.

Esto provocó un tumulto que bloqueó las puertas impidiendo la huida de las personas, que quedaron atrapadas y fallecieron aplastadas por la multitud, calcinadas por las llamas o sofocadas por el humo.

[23]​ Cerca de las 20:00 horas, la cúpula, el campanario y la torre con el reloj se desplomaron.

En el sitio que ocupaba la iglesia de la Compañía, se plantó posteriormente un jardín.

Larraín Gandarillas pidió al intendente la publicación de todas ellas para desvanecer el rumor de que ese templo era «un foco de inmoralidad y corrupción»; sin embargo, Bascuñán Guerrero contestó al presbítero negando tal rumor aunque lamentó «que la superstición hubiera creado y fomentado prácticas imprudentes».

Posteriormente, fue trasladado a la actual plaza de ingreso del cementerio por el bombero, escritor y escultor Alberto Ried Silva.

[15]​ En el jardín del antiguo Congreso Nacional, y donde estaba el primer monumento, se levantó «La virgen orante», también llamada «La Purísima» —símbolo de la resignación cristiana ante los designios divinos—, obra en mármol del escultor chileno José Miguel Blanco Gavilán,[32]​ según el diseño Madonna e quattro angeli del artista italiano Ignazio Jacometti.

[17]​ Se instauró una ley interpretativa del artículo 5.º de la Constitución de 1833, que estableció una relativa libertad de culto (1865), y se aprobaron las llamadas «leyes laicas», que establecieron los cementerios laicos (1883), el matrimonio civil (1884) y el registro civil (1884).

Posteriormente, con la aprobación de la Constitución de 1925, se separó oficialmente la Iglesia del Estado en Chile; esta separación fue ratificada por la Santa Sede en dicho año, lo que puso término a las disputas.

[46]​ En el siglo XXI, se han escrito los siguientes textos: el «Capítulo I.

1849-1870) pintó The Destruction by Fire of the Church de la Compania, Santiago, Chile, 8 December 1863, cuadro de 135 × 197 cm que se encuentra en exposición en el Ayuntamiento del municipio de Lambeth (en inglés: Lambeth Town Hall), en Brixton, Londres (Inglaterra).