[1]​[2]​ Aunque sufrió diversas modificaciones, la iglesia conserva su estructura de piedra que forma su nave central y el transepto.

La cesión fue finalmente aceptada por las autoridades coloniales y en 1575 se dio inicio a la construcción del templo con mano de obra indígena.

En los años posteriores se da inicio a la construcción del convento aledaño, compuesto por dos claustros construidos en 1628.

Una tercera torre es construida y en 1758 se inaugura la portada principal de la iglesia diseñada con piedra sillar.

Nuevamente, la torre de la iglesia es demolida en 1854 que es reemplazada por una diseñada por el arquitecto Fermín Vivaceta.

La actual torre, terminada en 1857, cuenta con un reloj de cuatro esferas y su arquitectura es de características decimonónicas que logran armonizar con los rasgos coloniales presentes en el resto del templo.

La demolición de los claustros interiores se inicia en 1913 para luego dar forma al actual Barrio París-Londres.

[6]​ Con este motivo, el Papa Francisco le concedió a la orden franciscana el privilegio de celebrar un Jubileo extraordinario durante todo 2018 y 2019.

Así, quien visite el templo durante este período puede obtener la indulgencia plenaria bajo las normas establecidas por el derecho canónico.

A fines del siglo XVIII se le erigieron en ladrillo naves laterales, perdiendo la forma de cruz y adquiriendo la rectangular que presenta actualmente.