Las siete salas que componen su recorrido se reparten a lo largo de los corredores inferiores del primer patio del claustro, que rodea un exuberante jardín con especies nativas e introducidas, además de una pileta central y aves exóticas.

En la sala Gabriela Mistral exhibe en su interior la medalla, el diploma y los facsímiles del Premio Nobel de Literatura ganado por la poetisa en 1945, y que ella legó al pueblo chileno bajo custodia de la Orden Franciscana.

Se compone de 54 pinturas de gran formato pintadas en Cuzco entre los años 1668 y 1684 en el taller del cusqueño Basilio Santa Cruz, en la que colaboraron además Juan Zapaca Inga y Pedro Nonasco.

Fue pintada tomando como referencia la serie existente en el Cuzco, pero la versión chilena es una de las mejores conservadas a nivel sudamericano[3]​ Esta sala, recientemente restaurada, está dedicada a las piezas que relatan la transición entre el período colonial y la república, tales como los balautros del Palacio de La Moneda,[4]​ fanales domésticos, imaginería popular, y objetos pertenecientes a Bernardo O'Higgins.

En el punto central se encuentra una pileta que cuenta con una variedad de peces y tortugas.