Como resultado de esto, en 1865 viajó junto con otros jóvenes a entrevistarse con el papa Pío IX.

El motivo del erigimiento de aquella nueva provincia eclesiástica fue el crecimiento sostenido del puerto principal de Chile y la avanzada presencia del protestantismo y masonería provenientes con los nuevos inmigrantes extranjeros que llegaban al puerto.

A la muerte del arzobispo de Santiago, Rafael Valentín Valdivieso Zañartu, se desató la polémica por su sucesión.

Así pues, se desencadenó una nueva crisis entre el Ejecutivo chileno y la Iglesia.

Durante su gobierno arzobispal, residió en una casa ubicada en la comuna de Providencia, específicamente en el barrio Bellavista.