Fue educado por los jesuitas en la fe católica y en 1674 visitó gran parte de Italia.
Durante la guerra de sucesión española Juan Guillermo, aliado austríaco recibió también el Alto Palatinado bávaro, que volvió a Baviera en 1714 mediante el Tratado de Rastatt.
Al no tener ningún hijo, fue sucedido por su hermano Carlos Felipe III, Elector del Palatinado.
Él era más popular en Jülich-Berg, donde erigió edificios impresionantes como el Castillo Bensberg y dirigió una corte pródiga que dio trabajo a muchos artistas y artesanos, incluyendo a los pintores de la corte Johannes Spilberg, su hija Adriana, más tarde su esposo Eglon van der Neer, Adriaen van der Werff, Jan Frans van Douven, Herman van der Mijn, Jan van Nickelen, su hija Jacoba Maria van Nickelen, su esposo Willem Troost, Rachel Ruysch, Godfried Schalcken y Jan Weenix con su hija Maria Weenix.
A su muerte fue enterrado en la iglesia del pueblo de San Andrés.