Dos años más tarde, se le confirió el título de Abogado.
En 1865 volvió al Senado de la República y después viajó a Europa en misión diplomática.
Santos se presentó a las elecciones presidenciales de 1868 con el apoyo del expresidente Murillo Toro.
Gutiérrez representó el sector radical del Partido Liberal, y se enfrentó al conservador Pedro Justo Berrio, y al liberal moderado Eustorgio Salgar, apoyado por el expresidente Mosquera.
Santos venció a sus contendores con una amplia ventaja de 6 delegados, sobre los 3 entre Berrio y Salgar.
En su corto mandato dio apertura a la navegación por el Río Magdalena, mejoró y amplió la red telefónica nacional y construyó una red telegráfica submarina, sistema traído a Colombia durante el gobierno de su padrino político Murillo Toro.
Dejado el cargo, el Congreso Nacional lo nombró de nuevo primer designado para asistir a Salgar en sus funciones si resultaba necesario.
Mientras era Presidente del Estado de Boyacá envió una misiva en 1867 declarándole la guerra a Bélgica.
Luego de su divorcio con Anadeodata Bernal, Santos contrajo nuevas nupcias con Hermelinda Concha, sin dejar descendencia.