Estudió en el Colegio del Espíritu Santo, fundado y dirigido por su mentor y amigo Lorenzo María Lleras, donde obtuvo el grado de doctor en derecho.

Fue periodista y redactor en periódicos como El Mensajero, La Defensa (del cual fue redactor en 1880), El Relator, además de La América, de Nueva York, donde criticó la Doctrina Monroe.

[1]​ Sobre sus cualidades como docente, se comentó: Pérez participó en la Convención de Rionegro en 1863, que creó una nueva constitución para el país.

Por otra parte, siguiendo a Sanín Cano, "es suyo un tratado de economía política todavía inédito.

También escribió, agrega Sanín Cano, una Gramática Española, inédita, "materia que enseñó a varias generaciones con tanto fervor como competencia".

Sus restos se trasladaron en 1952 al Cementerio Central de Bogotá, donde reposan actualmente.

Con María Josefa Triana, Santiago tuvo a sus tres hijas y su hijo: María Teresa; Eloísa (casada con Joaquín Lombana Rodríguez, de los poderosos Lombana); y Amelia Pérez Triana, que se casó con Clímaco Calderón Reyes, presidente de Colombia entre el 21 y el 22 de diciembre de 1882, en reemplazo del titular Francisco Javier Zaldúa, quien falleció en el cargo; y su hijo el periodista y poeta Santiago Pérez Triana.