Desde el año 1997 está administrado por una fundación constituida por varios organismos y entidades de Baleares.
Las plantas se encuentran agrupadas en diversas colecciones siendo de destacar: Está situado en el Instituto Botánico, en unas instalaciones que garantizan su conservación.
La colección se ve enriquecida con los herbarios personales y colaboraciones especiales de Jeroni Orell, Maria Mayol, Maurici Mus, Josep A. Rosselló, Gabriel Bibiloni, Guillem Alomar, Antoni Rebassa y Joan Mayol.
El Mediterráneo forma una unidad biogeográfica con una flora muy rica y con un elevado número de endemismos.
Es básicamente una biblioteca de investigación y está abierta a todos los socios del Jardín que estén interesados en realizar alguna consulta.