Regresó de Europa a la temprana edad de 18 años, encontrando en nuestro México efervescente la pugna entre dos opiniones diametralmente opuestas; la una pretendiendo reimplantar el espíritu del siglo XII; la otra representando el espíritu liberal del siglo XIX.
En 1851 resultó herido por los apaches en la batalla del Pozo Hediondo[3], nombrándole Coronel Inspector de las Guardias Nacionales en la Frontera.
Después de apaciguar a los apaches en el norte del estado ve la necesidad de ayudar a las fuerzas del sur del estado por lo que busca personalmente apaciguar a los yaquis que se habían levantado de nuevo en armas, en un punto denominado “Las Guásimas” en Guaymas escapó de ser capturado por los contrarios, salvándolo el viejo soldado don José Montijo, quien lo trepó en su caballo ya herido y con muchas dificultades.
A esta acción se le conoce en la historia de Sonora como “El Desastre de La Pasión”[14] El Desastre de la Pasión propino que empezaran los levantamientos por todo el estado a favor del Imperio, los levantamientos primeramente Indígenas, fueron secundados por levantamientos en las principales plazas sonorenses.
El tercer Congreso constitucional del estado se instaló el 28 de noviembre y declaró á Pesqueira gobernador de Sonora y sustituto del general Jesús García Morales.
Pesqueira deja el puesto de gobernador para atender otra sublevación de los pueblos yaquis y mayos que a finales de 1867 que descontentos por la victoria federal en contra de los franceses, se levantaron en armas pensando que volvería el régimen contra el cual había peleado, por lo que se puede decir que la última fuerza en Sonora del Imperio Francés, se encontraba en los Indígenas del estado; el alzamiento de las tribus yaqui y mayo tomó un carácter bien serio: los rebeldes mataron en Bácum al Comandante Militar que el Gobierno les había nombrado para mantenerlos quietos; los yaquis penetraron al Río mayo en diciembre, atacaron y pasaron a cuchillo una guarnición que había en Santa Cruz, asesinando al jefecillo indígena Matías y a otros catorce de su raza que con él pretendieron.
Los círculos de oposición se movieron con algún empeño, pero siempre fue reelecto Pesqueira gobernador y así fue declarado por la nueva Legislatura, en 14 de octubre, pidiendo licencia desde meses antes, Pesqueira nombró como sustituto al diputado don Julián Escalante, retirándose a su hacienda Las Delicias.
Esta vez luchó la candidatura del gobernador Pesqueira con la de su antiguo amigo y compañero el general Jesús García Morales, con quien ya no estaba en la mejor armonía.
A la vez que esas elecciones, se verificaron las de Poderes Federales.
En 1 de octubre, los generales Negrete, Toledo, Chavarría y otros jefes del ejército, lograron apoderarse de la capital, y aunque fue sofocado- inmediatamente el movimiento revolucionario, no pasó mucho tiempo sin que se levantaran en contra del gobierno el general Treviño en Nuevo León, Borrego en Durango, Palacios en Sinaloa y el mismo general Díaz en Oaxaca, proclamando en noviembre el Plan de la Noria.
El primero de mayo Pesqueira estaba ya en El Fuerte, allí dejó comisionados que organizaran más fuerzas y continuó su marcha sobre Sinaloa, donde se detuvo algunos días en espera de más refuerzos.
Supresión del precepto que establecía el sistema de jurados para los juicios criminales.
Restricción á las facultades del Poder Ejecutivo para imponer penas correccionales.
El primero de noviembre de 1872 aprobó el Congreso del Estado dichas reformas constitucionales, lo cual produjo un choque entre los poderes Ejecutivo y Legislativo para su sanción, ya que el gobernador Pesqueira no respetó esa decisión y se produjo el conflicto entre poderes, Los diputados reformistas se reunieron en diciembre para protestar la nueva Constitución, pero un diputado pesqueirista abandonó el salón dejándolos sin cuórum, suficiente, Los seis diputados restantes no formaban Congreso y por lo tanto no podían protestar las reformas, por lo que se disolvieron dando antes un manifiesto al público en los periódicos locales.
El conflicto no terminó aquí, la opinión pública, que ya no era muy favorable al Gobierno de Pesqueira, se acentuó más en su contra motivo de la cuestión de reformas estatales, y era que el pueblo estaba ya cansado de una administración pública cuyo jefe no cambiaba desde 1856, Y sin embargo; al verificarse en 1873 las elecciones para la renovación de los encargados del poder público, el Gobierno no tuvo ninguna oposición y Pesqueira fue reelegido una vez más, sin contradicción ninguna.
Este hecho hizo que el ciudadano perdiera la fe en las instituciones, es decir, no tenían esperanza de obtener un camino por medio del sufragio y preferían resignarse pacientemente a emprender una lucha estéril.
Desde el levantamiento de Conant en 1873, Pesqueira pidió varias y sucesivas licencias para regresar a sus posesiones, pareciera que no quisiera gobernar y constante mente dejó el cargo a gobernadores sustitutos o provisionales, en especial a Joaquín M. Astiazarán, el gobierno estatal le concedió cuantas licencias y prórrogas le solicitó.
Entretanto en Arizpe D. Juan Clímaco Escalante, en poco tiempo reunió hombres y derrotó en Santa Cruz al Jefe pesqueirista don Cayetano Silva.
El enfrentamiento fue notificado por Pesqueira como una victoria mexicana asegurando la muerte aproximada de unos 60 yaquis.
Mientras tanto en el norte más y más miembros se levantaban en armas contra el gobierno sonorense, es así que don Francisco E. González tomo la ciudad de Ures con hombres reclutados en Rayón y Opodepe, lo cual duró poco, ya que para 1876 fueron derrotados por fuerzas de pesqueira.
Francisco Serna sabiendo de las intenciones de Pesqueira, se refugió en Arizona, más sin embargo Escalante tomo la ruta al sur, teniendo algunos combates no significativos, y uniendo fuerzas con jefes locales en Álamos.
Mientras este organizaba la gente que se le presentaba en masa, Campa se pasó al pueblo de Séris y de allí marchó al Represo, donde estableció su campamento.
El gobernador José J. Pesqueira solicitó al gobierno federal apoyo para enfrentar dicha situación, por lo que se asignó a Jesús García Morales a defender la plaza de Guaymas.