Durante los acontecimientos llegó a ser ascendido al grado de coronel.
[2] Durante la Segunda Intervención Francesa en México, Negrete hizo a un lado su ideología conservadora y participó en la defensa del territorio mexicano.
Tomada ésta por los franceses, desbandándose el Ejército de Oriente, huyeron sus jefes y generales, entre ellos Negrete, Jesús González Ortega, Felipe Berriozábal y Porfirio Díaz.
Finalizada la intervención francesa, llegó a sublevarse en contra de Juárez [4] durante dos ocasiones, en las cuales fue repelido y llevado al orden.
La primera fue para apoyar a Julio López Chávez en Texcoco quien había lanzado en Chalco el Manifiesto a todos los oprimidos y los pobres de México y del universo.
[5] «Volví al campo de la revolución, cuando vi que el país entero se había abstenido de concurrir a los comicios presidenciales, y que por medio de una elección oficial se le imponía a la República, un hombre y una situación por otros cuatro años y contra su voluntad..» Se levantó en armas en contra del presidente Porfirio Díaz en los límites de Querétaro, Guanajuato y San Luis Potosí.
Se adhirió al plan socialista de Sierra Gorda, pero nuevamente fue derrotado.