Como tal, tuvo fricciones con Gayou porque este no designó autoridades en ese distrito como lo exigía la ley, y porque al hacerlo en Cananea, no respetó las anteriores designaciones hechas por Cabral.

Al serle otorgada la licencia al gobernador José María Maytorena para ausentarse del cargo por seis meses, el Congreso Local lo nombró encargado del Poder Ejecutivo estatal el día 26.

Por algunos días debatió con las autoridades locales el desconocimiento al gobierno golpista, ya que no había consenso entre estas, al tiempo que se iniciaban levantamientos armados contra el general Victoriano Huerta en Agua Prieta y Fronteras, y recibía presiones tanto de Estados Unidos como del Secretario de Gobernación para que definiera su posición.

Dividió al territorio en tres secciones, designando comandantes militares: en la región norte quedó al mando Juan G. Cabral; en la sur, Benjamín Hill, y en la centro, Salvador Alvarado Rubio, todos bajo la jefatura de Obregón Detuvo el tráfico ferroviario entre Magdalena y Hermosillo y envió cuadrillas a quemar los puentes sobre el camino a Nogales, con el propósito de impedir el paso de las tropas federales.

Lanzó un manifiesto al día siguiente en el que explicó por qué había aplazado el levantamiento contra el huertismo e invitaba a los sonorenses a defender la soberanía del estado.

Mediante gestores administrativos intervino las operaciones de los principales bancos que empezaban a sacar sus capitales del estado y les impuso préstamos diversos.

Al derrotar a los huertistas en Naco, abrió esta parte de la frontera al tráfico internacional y logró que la línea divisoria se convirtiera en un sólido sostén para la guerra.

Otorgó garantías sobre sus personas y propiedades a todos aquellos que cooperaran.

Cuando se agudizó el conflicto entre el general Francisco Villa y Carranza, Pesqueira formó parte de la junta pacifista organizada en la Ciudad de México para mediar entre ambas partes.

En 1920, cuando se desconoció al presidente Carranza, permaneció fiel a su gobierno y este lo nombró gobernador provisional de su estado, pero no pudo tomar posesión.

Al morir Carranza, Pesqueira se retiró de la vida pública hasta 1934.

Fue ascendido a general de división, y en ese mismo año fue designado nuevamente presidente del Supremo Tribunal Militar.