En 1687 con la llegada del misionero jesuita Eusebio Francisco Kino al territorio que hoy se le conoce como Sonora comenzó la fundación de las primeras misiones españolas en Sonora, Chihuahua y Coahuila como resultado de la evangelización de la población nativa del territorio y fue él quién fundó nuevamente la Misión de Santa María Magdalena en el lugar a finales del siglo XVII.

Ya en el México independiente, Magdalena fue cabecera de distrito durante la segunda mitad del siglo XIX.

Magdalena Fue aduana de México, desde 1854 hasta 1880 que se trasladó a Nogales.

El clima se clasifica como semiseco, con una temperatura promedio anual de 26.5 grados Celsius.

Este municipio cuenta con un clima semiseco, semicálido BS hw(x)(e) con una temperatura media máxima mensual de 22.2° en julio y una temperatura media mínima mensual de 12.2 °C en diciembre.

La infraestructura hidráulica que se utiliza para riego es la Presa del Yeso; existen además 9 pozos; un represo y una galería filtrante en La Misión.

Sus principales ramos son: abarrotes, restaurantes, ferreterías, licorerías y tiendas de ropa; generando aproximadamente 2,680 empleos directos.

Destaca como principales atractivo la Tres festividades se realizan en esta población.

La capilla actual cuenta con una mayor capacidad para personas que le desean visitar.

Una tradición de ciertos feligreses, es peregrinar (hasta 80 kilómetros desde Nogales, o 15 kilómetros desde Santa Ana), como pago por la solicitud de ayuda realizada para aliviar una enfermedad, requerir su cooperación ante Dios para obtener salud y prosperidad en la familia, una buena cosecha en los cultivos, una excelente época en los hatos ganaderos o sencillamente la bendición de Dios en las actividades y oficios que desempeñan.

Los sacerdotes a través de los siglos han custodiado la veneración desde Eusebio Kino, pasando por el padre Patricio Sánchez en 1889,[12]​ Eustasio Egurrola(1941), José Santos Sáenz (1988), Jaime Salcido y otros.

Éstas festividades, motivan el encuentro de dos pueblos originarios: los tohono o´odam y los Yaquis, que junto con el resto de la población, se encuentran durante éstas celebraciones.