El nombre proviene de la palabra ópata bachicuy, que significa ‘aguas negras’.

Esto debido a que en el lugar, el agua con el cual los ganaderos de finales del siglo XIX, abrevaban su ganado se tornaba oscura, debido a la naturaleza del terreno.

Al comenzar a ser construida una vía del ferrocarril para transportar fácilmente el mineral extraído en Nacozari hacia la fundición de Douglas, comenzó a llegar gente de varias poblaciones vecinas tales como Fronteras, Esqueda, Bacerac, Bavispe y otras.

Pronto el poblado se convirtió en comisaría del Municipio de Fronteras, Sonora.

La participación de Agua Prieta en el movimiento armado que se inició en 1910, fue sumamente importante y significativa ya que este lugar se vio convertido, por muchos motivos, en un punto importante para los más destacados hombres de la Revolución.

Cuando Venustiano Carranza llegó a Sonora completamente desanimado y derrotado, fue aquí donde se le recibió como todo un personaje.

Fue Sonora quién le dio a Carranza aliento, dinero, alimentos, armas y hasta hombres para que siguiera con su lucha y llegará a la Presidencia de la República.

El arroyo Punta de Agua, que nace en la sierra de San José, en el municipio de Naco, penetra a su territorio, continuando hacia el este hasta unirse al río Agua Prieta; este y el arroyo Cajón Bonito se unen al río Batepito, el cual sigue hacia el sur, para descargar en el río Bavispe.

Agua Prieta II es la primera planta en su tipo que entra en el mercado de la electricidad en México y América Latina.

Los deportes más populares en Agua Prieta son el béisbol y el fútbol.

[9]​ El baloncesto juega un buen papel en esta ciudad, la cual cuenta con su propia liga municipal.

Entre los aguapretenses destacados se encuentran: La ciudad de Heroica Agua Prieta está hermanada con dos ciudades alrededor del mundo, las cuales son: