En él sus escasos médicos se afanaban en la atención a parturientas, cuidados de lepra, tratando padecimientos y heridas.
En 1801 se amplía la sala principal, donde se atenderían las consecuencias de la tuberculosis y las epidemias de viruela y cólera muy comunes en esa época.
La titularidad del Hospital San Carlos, tras el destronamiento de Isabel II, pasa al municipio de San Lorenzo, que consigue fondos suficientes para rehabilitarlo.
Desde 1920, se crean, para el tratamiento de la tuberculosis, hospitales monográficos como el precursor del actual centro: “Hospital Monografico de las Enfermedades del Tórax” y entidades tales como el “Patronato Nacional Antituberculoso”, del que dependía.
El Hospital de El Escorial es un edificio de seis plantas: Sótano, Planta Baja, Primera, Segunda, Tercera y Cuarta.