Gracias a la actividad desplegada por sus dos secretarios, Benjamín Vicuña Mackenna y Ramón Barros Luco, se logró reunir en un corto tiempo más de trescientos cincuenta mil pesos, parte de los cuales se invirtió en comprar algunas quintas en La Cañadilla (actual avenida Independencia) para levantar allí el lazareto.Esta, junto al lazareto y a otro recinto asistencial que después se llamó Hospital San José, consolidaron el sector como centro de servicio de salud y educación, cualidad que mantiene.Durante ese conflicto, las salas del hospital cobijaron también a prisioneros bolivianos y peruanos.En 1905 comenzó a construirse la maternidad del hospital, de acuerdo a los planos del arquitecto francés Henri Grossin; las obras, paralizadas durante años, fueron retomadas en 1913 y terminadas por Ricardo Larraín Bravo.En San Vicente de Paul trabajaron médicos ilustres, como José Joaquín Aguirre, Exequiel González Cortés, Manuel Barros Borgoño, Lucas Sierra, Raimundo Charlín, Luis Froemel, Manuel J. Barrenechea Naranjo, Santiago Barrenechea, Roberto del Río, Alejandro del Río, entre otros.El nuevo recinto asistencial se terminó en 1952 y pasó a llamarse Hospital Clínico José Joaquín Aguirre en honor al doctor que destacó la importancia de la física y la química en los diversos dominios de la medicina.Este santo, canonizado en 1737, fue el primer educador de la asistencia voluntaria, por cuanto reclutó a personal profesionalizado y lo preparó mediante cursos teóricos y prácticos que constituyeron en realidad la más antigua escuela de enfermeras del mundo.Fueron ellas quienes instalaron y establecieron la capilla en el patio central del sanatorio, la cual fue declarada Monumento Histórico en 1981.El edificio ocupaba el tercio medio de la cuadra entre las actuales calles Doctor Carlos Lorca Tobar (ex Santos Dumont, y antes del Rosario) y Zañartu (antigua calle del Panteón).En otras palabras, la fachada del antiguo hospital ocupaba casi exactamente el mismo espacio del actual frontis de la Escuela de Medicina, y sus respectivas entradas principales casi se correspondían.Además, tenía una segunda entrada por un callejón que iba a abrirse a la avenida del Panteón, por la cual se hacía el servicio interno del establecimiento y la extracción de los cadáveres para el Cementerio General de Santiago.Entre el segundo y tercer patios existía un cuerpo formado, a ambos lados, por las salas de clínica médica.Los varios departamentos de la lavandería ocupaban un gran galpón cerrado por tres costados y unos salones adjuntos.Todos estos departamentos tenían piso impermeable, de fácil aseo y con su respectivo desagüe.Los costados abiertos daban a pequeños patios empedrados y por los cuales se hacía el servicio interno de las salas.En el costado posterior de estos patios había un excusado para cada sala, el cual se abría directamente a la acequia.En 1905 se edificó la maternidad, colindante con la sección mujeres, según planos del arquitecto Enrique Grossin.Esta obra, paralizada durante algunos años, fue retomada en 1913 por el arquitecto Ricardo Larraín Bravo.El fondo del edificio se ubicaría actualmente cerca de la porción media del Instituto de Anatomía Patológica Francisco Puelma Tupper y donde hoy se encuentran las dos salas Egaña.Los galpones que se habían construido en la parte posterior del Hospital para los variolosos fueron desmontados, y los materiales entregados a las Hermanas de la Caridad para construir un asilo anexo de viudas y huérfanos.La capilla se destacaba como el elemento central y ordenador del recinto hospitalario.Cuatro faldones curvos conforman su cubierta rematada por una gran cruz de hierro.Un tercer coro alto ocupa un tercio del tramo poniente de la nave.Bajo ella, armadas con listones y yeso, se conforman las cúpulas encamonadas (construidas de tabique, para imitar una bóveda).Para corroborar los hallazgos que sugerían los planos, se decidió realizar mediciones en terreno.Estos últimos resultados sugieren fuertemente que el edificio actual existente corresponde a la sección norte de la antigua lavandería.