[1]​ La población de Santiago había sido afectada por varias epidemias, entre ellas la viruela en los años 1868, 1872, 1876, 1880 y 1886.

Sin embargo, la cantidad de enfermos era tan alta que se vieron obligados a implementar en el predio dos carpas del ejército para recibir 30 camas cada una.

La junta con ayuda de los arquitectos Fermín Vivaceta y José Rodrigo quienes realizan observaciones y sugieren cambios para adoptar una forma elíptica en el diseño de los pabellones.

Sin embargo la propuesta no se aprobó y el proyecto quedó con el diseño de Ricardo Brown.

En 1876 con materiales que habían sido utilizadas en la exposición de 1872, se levantan otros cinco galpones, obras confiadas a Francisco Robinson.

[1]​ En esta última epidemia se asistieron a 2332 enfermas de las cuales 895 fallecieron.

[2]​ Llegan a prestar servicio los médicos Carlos María Leiva, Daniel Herrera, Aníbal Ravest y Sandalio Letelier.

Dada la mala calidad de las construcciones en el invierno del año 1880 se derrumba la sala "San Miguel" y se volaron las techumbres de zinc, en estos hechos fallecen dos enfermos y cinco quedan heridos.

[1]​[2]​ Hasta 1886 El Salvador funcionaba como lazareto mientras que el hospital San Vicente de Paul funcionaba como hospital general y es en este año se realizan mejoras como la instalación de calefacción en la salas y servicios higiénicos.

En el año 1888 se diseñó un nuevo proyecto, siendo autorizada su construcción cuatro años más tarde bajo la dirección del arquitecto Carlos Barroilhet.

[1]​[5]​ Las obras propuestas por Carlos Barroilhet no se concretan, en cambio Villaneuve entrega a la Junta de Beneficencia los planos definitivos del hospital el mismo año 1889.

[2]​ En 1903 se inician las obras de la Maternidad, ubicada en el sector norte del predio, junto al parque central o jardín histórico a cargo del arquitecto Carlos Barroilhet.

[1]​ Las obras en la Maternidad finalizaron en 1904 y se organiza esta sección bajo la dirección del doctor Eduardo Sepúlveda, quien introdujo el servicio de parto a domicilio.

Además se implementa un centro docente de matronas dirigido por el doctor Frías.

Esta distribución llevó a un cambio en la estructura de la organización con una especialización del personal médico según sección.

[14]​ Tras los hallazgos arqueológicos, la obra se detuvo en 2017 y su construcción se retomó a fines de 2018, las gestiones del Ministerio de Obras Públicas para destrabar proyectos que estaban paralizados.

[17]​ El rescate del sitio arqueológico denominado «Salvador 1» se desarrolló entre los años 2016 y 2017.

Al interior del sector denominado Patios Interiores del Hospital Antiguo se detecta un subsector que fue denominado Parque Central o Jardín Histórico donde se encontró la mayor parte de los restos prehispánicos.

Estas pudieron ser identificadas preliminarmente al Periodo Republicano, que corresponde al periodo comprendido a mediados del siglo XIX e inicios del siglo XX y al Periodo Agroalfarero Temprano (PAT), entre 300 a. C. a los 1100 o 1200 d. C.[1]​ El material descubierto de caracterizó en cuatro componentes: histórico (13,4 %), prehispánico (54,7 %), prehispánico-histórico (13,8 %) y finalmente material de relleno subactual con material prehispánico e histórico disturbado (17,9%).

Los retrasos generaron además que se requirieran sondajes en áreas no cubiertas anteriormente.

En el sector noreste cercano a Maternidad se encontró un muro de piedra, además un muro estructural en patios interiores del área poniente entre las salas Sagrado Corazón y Nuestra Señora del Rosario.

En esta etapa se concluye que los pisos de huevillo despejados correspondían al periodo 1888 a 1910.

Durante el despeje de estos último se encuentran restos bioantropologicos prehispánicos se intervienen 93 metros cuadrados en el sector de las estructuras y 340 metros cuadrados en el sector funerario.

También se detectan en esta etapa cerámica prehispánica del periodo tardío o inca local en el sector oriente.

Es en esta etapa que los análisis de cerámica prehispánica incorporan a Comunidades Alfareras Iniciales (CAI) a los restos ya detectados de cerámica Bato y Llolleo.

14 cuerpos no fue posible determinar su posición dada la disturbación antrópica que presentaba el sitio por obras anteriores.

Respecto al tramo de edad, 25 cuerpos correspondían a personas adultas entre los 20 y 50 años.

[1]​ Todos los antecedentes hasta esta etapa permiten identificar este cementerio al Periodo Agroalfarero Temprano (PAT) y principalmente a la tradición Bato.

Sin embargo, en otros sectores excavados se encontraron restos que podrían indicar un sitio de uso doméstico cercano.

[1]​ Entre los restos prehispánicos la mayor parte son atribuibles al Período agroalfarero temprano (PAT), tradición Bato o Llolleo, sin embargo, en algunos sectores excavados aparecieron restos que corresponden al Periodo Intermedio Tardío (PIT) correspondiente a cultura Aconcagua y también al Período Tardío (PT) o de contacto Inca, estos últimos se atribuye a vasijas de creación local con influencia inca y diaguita.