Su padre, Eugenio Lizarraga, era abogado y concejal en el Ayuntamiento de Pamplona a principios del siglo XX.
En esa ciudad realizó escenografía para teatro y ganó varios premios en concursos de carteles.
Continuó participando en exposiciones, como el II Festival de Artistas Vascos celebrado en Bilbao en 1932 donde expuso junto a otros pintores navarros como Jesús Basiano, Javier Ciga, Miguel Pérez Torres, Crispín Martínez Pérez, María Teresa Gaztelu y Karle Garmendia, y en otra exposición organizada por el Ateneo Navarro de Pamplona en el mismo año.
Cuando estalló la Guerra Civil en 1936, era el director artístico de la agencia de publicidad Walter Thompson y en aquellos momentos se encontraba en París, pero regresó a Barcelona para incorporarse al ejército republicano.
En 1938 también participó en la película surrealista Don Do-Re-Mi-Fa-Sol-La-Si-Do de José Fogués en la que realizó diseños y formó parte del reparto.
Fue encarcelado en campos de concentración, primero en Argelès-sur-Mer, luego en Agde y Clermont-Ferrand.
Una vez allí, se unió a un grupo de artistas europeos exiliados: la propia Remedios Varo, Benjamin Péret, Kati Horna y José Horna, Leonora Carrington y Chiki Weisz, entre otros.
En México realizó una gran obra de arte tanto en ilustración como en pintura.
Se divorció en 1963, y en la década de 1970 conoció a la escritora Asunción Lazcorreta, una mujer que investigaba sobre Remedios Varo, y se casó con ella para ayudarla a adquirir la nacionalidad mexicana, que ya había obtenido Gerardo.
Especialmente en los campos, sus dibujos son rasgos evidentes que reflejan la tragedia del exilio, la alta expresión.