Pinto renunció a la jefatura del Estado, que dejó en manos de Francisco Ramón Vicuña.[3] En mayo de 1829 fue reelecto como presidente y durante su gobierno lidió con el fracaso de las leyes federales y posteriormente con el ensayo liberal.Los conservadores aprovecharon esta situación para dividir al Ejército y comenzar su fortalecimiento político.[3] Tras la derrota liberal fue perseguido, situación que se revirtió tras el matrimonio de su hija Enriqueta Pinto Garmendia con el presidente Manuel Bulnes Prieto, lo que lo rehabilitó políticamente.[2] En 1820 regresó a Chile con el grado de coronel, ya casado —en una boda en la que fue Belgrano fue padrino— con la patriota argentina, Luisa Garmendia Alurralde y con la hija de ambos, Enriqueta, que había nacido en Tucumán y que con el tiempo se convirtió en la esposa del presidente Manuel Bulnes.[2] Llegado a su país, el director supremo Bernardo O'Higgins le envió a participar en la Expedición Libertadora del Perú, bajo las órdenes de José de San Martín.[2] Al abandonar el ministerio fue designado nuevamente intendente de Coquimbo.Se iniciaron entonces los preparativos para crear una nueva Constitución: una comisión compuesta por siete personas entregó un borrador del proyecto que fue perfeccionado por el literato español José Joaquín de Mora, recién llegado a Chile; la nueva constitución se promulgó el 8 de agosto ese año.Cómo representante del sector pipiolo o liberal, en la elección presidencial de 1829 ganó por mayoría absoluta; sin embargo, hubo una fuerte disputa por la legitimidad del vicepresidente José Joaquín Vicuña, que tenía solo la cuarta mayoría.[3] En las elecciones parlamentarias de 1843 fue elegido como diputado propietario por La Serena, por el período legislativo 1843-1846.Además, fue miembro de la Comisión Conservadora para el receso 1846-1847; 1847-1848; 1851-1852; y 1854-1855.[2] En las parlamentarias de 1855 obtuvo la reelección como senador propietario, por el período 1855-1864.[2] De su matrimonio con la patriota argentina Luisa Garmendia Alurralde, quien era descendiente del último emperador inca Huayna Cápac y del conquistador Francisco de Aguirre, cabe mencionar los siguientes hijos y descendencia:
