El vicealmirante Itō Sukeyuki fue nombrado el primer Comandante en Jefe de la Flota Combinada durante la duración de la Primera Guerra Sino-Japonesa contra China.
[3] La Flota Combinada (聯合艦隊 Rengō Kantai) fue reformada durante la Guerra Ruso-Japonesa de 1904-05 para proporcionar un comando general unificado para las tres flotas separadas en la Armada Imperial Japonesa: El almirante Tōgō Heihachirō fue el Comandante en Jefe de la Flota Combinada durante la Guerra Ruso-Japonesa.
La Flota Combinada (聯合艦隊 Rengō Kantai) estuvo bajo el mando directo del Cuartel General Imperial (大本営 Daihon'ei) en 1937.
A medida que la situación de guerra se deterioraba para los japoneses y los territorios controlados por las "Flotas Aéreas" caían una tras otra en poder de la Marina de los Estados Unidos, tanto el Cuartel General Imperial como el Estado Mayor General de la Armada Imperial Japonesa (軍令部 Gunreibu) actuaron para obligar a la flota estadounidense a una "batalla decisiva" en las Filipinas por la filosofía kantai kessen.
Los restos de la Flota Combinada huyeron a Okinawa.