Posteriormente se le nombró segundo oficial del acorazado Asahi.

[1]​ Cuando Nobuyuki Abe tomó posesión como primer ministro, Yonai permaneció en el Consejo Supremo de Guerra.

[1]​ En el duro debate que mantuvieron los jefes militares sobre si Japón debía unirse a la Alemania nazi y a la Italia fascista, encabezó la oposición frontal a la alianza,[1]​ apoyado por sus dos hombres de confianza, el viceministro de Marina, el almirante Isoroku Yamamoto,[2]​ y el jefe de Asuntos Militares del Ministerio, el vicealmirante Shigeyoshi Inoue.

Los tres estaban convencidos de que la alianza con las potencias fascistas europeas conduciría a la guerra con Estados Unidos y con Gran Bretaña, una guerra que la Armada japonesa no estaba preparada para ganar.

Los defensores del futuro Pacto Tripartito creían que la alianza con las potencias europeas del Eje obligaría al Reino Unido a dejar de apoyar a China en la segunda guerra sino-japonesa, iniciada en 1937.

Además descartaban la intervención de Estados Unidos porque, como dijo el contralmirante Takazumi Ika, «históricamente aislacionista, Estados Unidos no intentaría hacer frente a la poderosa alianza germano-italo-japonesa poniéndose del lado de Gran Bretaña, que ya está en declive».

Unas ideas que Yonai y sus aliados Yamamoto e Inoue consideraban completamente irreales.

[6]​ Así que Yonai se vio obligado a renunciar al cargo de primer ministro, siendo sustituido por el príncipe Fumimaro Konoe, que ya había estado al frente del gobierno cuando comenzó en 1937 el Incidente de China, eufemismo con el que se conocía a la segunda guerra sino-japonesa.

Tuvo un papel importante durante los Juicios de Tokio, en los que abogó por la absolución del emperador.

Toda su vida padeció hipertensión arterial, pero falleció por neumonía en 1948 a la edad de 68 años.