En 1918, tras acabar la Primera Guerra Mundial, fue ascendido a capitán de navío, para, un año después, recibir su primer (y único) mando: el crucero ligero Hirado.

Para 1927, Nagano ya era vicealmirante y los años posteriores dirigió la Academia de la Armada Imperial.

Desde 1941 hasta 1944 pasó a ocupar la jefatura del Estado Mayor de la Armada, año en que las derrotas militares sufridas por Japón le llevaron a perder la confianza del Emperador Hirohito, quien lo destituyó, encargando de su sustitución al primer ministro Hideki Tōjō y al Ministro de la Armada Shigetarō Shimada.

[2]​[3]​ Finalmente, con la aprobación del Emperador, sería el propio Shimada quien asumiría las antiguas funciones de Nagano.

Nagano era un declarado rival del almirante Isoroku Yamamoto y estaba en desacuerdo en cuanto al ataque a Pearl Harbor.