En épocas posteriores se asentaron cerca del actual lugar de Exfiliana los fenicios, los cartaginenses y los romanos.
En el año 306 ya está asentada la Diócesis de Guadix (entonces conocida como Acci) por su obispo Félix.
Durante la Rebelión de las Alpujarras entre los años 1568 y 1570, Exfiliana se unió a la sublevación y rebelión por la proximidad a Guadix, pero en menor grado que su vecina Alcudia de Guadix.
El pueblo, por esta época, creció más de lo esperado, ya que los moriscos expulsados del Cigüeñí y el Zalabí se trasladaron a ella, pero esto no impidió que en 1571 fueran expulsados.
Exfiliana, hasta 1973, era un municipio independiente, hasta que se fusionó con Alcudia de Guadix y Charches en un solo municipio, llamado Valle del Zalabí, recayendo la capitalidad municipal en el núcleo alcudianero.
Entre los dulces, destacan los buñuelos, las hojuelas, los roscos de vino, el manjar blanco y las tarbinas.