Durante su actuación en la guerra civil española, como Cuerpo de Ejército Marroquí, las tropas africanas se ganaron la reputación de crueles asesinos entre la población y los militares del bando republicano, como ya hubieran hecho unos años antes contra las cabilas rifeñas.
La presencia militar española en el Norte de África arranca desde comienzos del siglo XVI, si bien no sería desde la década 1860 con la Guerra de África cuando la implicación española es cada vez más directa.
Ello forzaría el envío de tropas africanas a la plaza melillense hasta alcanzar los treinta y cinco mil hombres y constituiría la base del posterior Ejército de África.
Por esas fechas ya había comenzado el reparto de Marruecos debido a las rivalidades entre Francia, Inglaterra y Alemania.
En base, no era ningún negocio para España y constituía más un pozo sin fondo para el Estado.
Este se verá compuesto por la agrupación de tropas españolas y africanas que se ocupan de guarnecer y extender el territorio bajo administración colonial.
A decir verdad, también en la organización político-social del Protectorado se hicieron muy pocos cambios.
En julio de 1936, la jefatura estaba a cargo del General Agustín Gómez Morato con residencia en Ceuta.
El Ejército de África iba a desempeñar un papel clave durante la Guerra civil española que tuvo lugar entre 1936–1939.
La intención inicial era transportar el Ejército de África por mar a la España peninsular.
Por su parte, la Legión y los Regulares se convirtieron en la vanguardia de los golpistas para las operaciones del resto de la guerra y desempeñaron un papel fundamental en la victoria del ejército nacional.
Durante el contraataque republicano en Brunete, las tropas marroquíes jugaron un importantísimo papel al soportar el peso del ataque republicano y ser ellas mismas las que tuvieron que rechazarlo.