En 2021 en la diócesis existían 96 parroquias agrupadas en 7 arciprestazgos: Calheta, Câmara de Lobos, Funchal, Machico y Santa Cruz, Ribeira Brava y Ponta do Sol, Santana, São Vicente y Porto Moniz.
Mediante la bula Romanus Pontifex del papa Nicolás V dirigida al rey Alfonso V de Portugal el 8 de enero de 1455,[1] confirmada por el siguiente papa Calixto III el 13 de marzo de 1456 mediante la bula Inter caetera,[2] se reconoció a los reyes portugueses la propiedad exclusiva de todas las islas, tierras, puertos y mares conquistados en las regiones que se extienden (bula Inter caetera) «desde los cabos de Bojador y Nam hasta toda la Guinea y más allá de esa región meridional hasta las Indias, adquiridas y por adquirir.» La bula Inter caetera otorgó a la Orden de Cristo la autoridad eclesiástica en esos territorios declarados nullius dioecesis, lo que implicaba que no se constituirían diócesis en ellos sino que la autoridad normalmente ejercida por un obispo sería ejercida por la orden, cuyo gobernador y guardián era el rey de Portugal o el infante, quienes habían invertido las ganancias de la orden en los viajes ultramarinos.
[3][nota 1][nota 2] La nueva diócesis continuaba la jurisdicción que tenía el vicario de la Orden de Cristo sobre todos los territorios descubiertos y a descubrir por los portugueses en los océanos Atlántico e Índico, a partir del cabo Bojador hacia las Indias.
Era la metrópolis más grande del mundo, que incluía teóricamente Brasil, India, todo el Oriente y casi toda África, además de las islas Azores y Madeira.
El primero en visitar su iglesia fue el dominico Jorge de Lemos (1556-1569), quien inició una seria organización de la diócesis en línea con las directrices del Concilio de Trento, labor que fue continuada por sus sucesores, Jerónimo Barreto y Luís de Figueiredo y Lemos, que reunió a los primeros sínodos diocesanos.
Jerónimo Barreto fue también el responsable de la organización del seminario, ya establecido en 1566.