Son de primera importancia la bula Romanus Pontifex, que concedía a Portugal el monopolio comercial de la ruta marítima a la India, y la bula Inter caetera, en la que se transfirió a la Orden de Cristo la jurisdicción eclesiástica desde el cabo Bojador hasta la India.
La bula Dum diversas del papa 'Nicolás V (1452) dice explícitamente que dado que el rey Alfonso V de Portugal emprendió la conquista de África para la gloria de Dios y su intención era conducir a los enemigos del cristianismo a la fe cristiana, obtuvo para sí y para sus sucesores el derecho de propiedad sobre tierras paganas y musulmanas.
A través del Padroado el rey de Portugal podía construir iglesias y designar candidatos a los obispados y beneficios eclesiásticos, que luego eran aprobados por el papa.
[1] Así, las estructuras del Reino de Portugal tenían no sólo una dimensión político-administrativa, sino también religiosa.
[2] Todos los obispos de las diócesis portuguesas eran elegidos y aprobados por la Santa Sede, a pesar de que aceptaba a menudo las propuestas del rey para no causar conflictos.
[3] Sin embargo, en el siglo XVII la extensión del mecenazgo se limitó a los territorios conquistados por Portugal, porque la Congregación de Propaganda Fide (en Roma) decidió enviar misioneros directamente a las tierras "infieles" no ocupadas por los europeos.
[3] En 1514 el papa León X creó la diócesis de Funchal, a donde se envió al obispo, quien se haría responsable de todos los sacerdotes y frailes que partieran hacia tierras africanas, americanas o indias.
Fue la primera diócesis gestionada bajo el régimen del Padroado, y le dependían eclesiásticamente todos los territorios conquistados al sur de Mauritania, desde Brasil hasta India y China.
En 1533, ya reinaba Juan III, había tantos misioneros y conversos que fue necesario crear una segunda diócesis de ultramar, que se instaló en el archipiélago de Cabo Verde.
Sin embargo, en 1622 se fundó en Roma la Congregación de Propaganda Fide, que pasó a ser la encargada de coordinar y enviar misioneros a tierras no conquistadas por los europeos.
En el mismo año, se restableció la diócesis de Pekín bajo la jurisdicción del Padroado portugués.
[5] El Padroado portugués sufrió un nuevo ataque en 1685: el rey Luis XIV de Francia comenzó a proteger y enviar jesuitas franceses a China, rivalizando con los jesuitas y misioneros restantes protegidos por Portugal.
Esta creciente rivalidad entre Francia y Portugal también contribuyó a la controversia sobre los ritos en China.
En 1600 esta ruta marítima Lisboa-Goa fue incluso impuesta canónicamente a todos los clérigos que partían hacia Asia.
Sin embargo, no tenían un poder incondicional, lo que creaba grandes dificultades.
En Bombay, que había sido cedida a los británicos en 1661, al clero portugués se le permitió al principio permanecer a cargo de las iglesias, pero en 1720, sobre la base de que causaron descontento entre la gente contra el poder británico, fueron expulsados y reemplazados por carmelitas misioneros bajo un vicario apostólico.
En el siglo XVIII la situación se volvió intolerable, dado que no solo Portugal ya no tenía los medios económicos para su compromiso misionero de Padroado, sino que su gobierno era abiertamente anticlerical y masónico.
Sin embargo, el Padroado le seguía siendo útil como instrumento político de influencia y control.
Esto condujo a una situación de doble administración eclesiástica y tuvo que resolverse finalmente a través de un acuerdo diplomático entre Portugal y la Santa Sede.
Esto estaba en línea con el Concilio Vaticano II, en el que la Santa Sede pidió activamente a los gobiernos que renunciaran y anularan tratados o privilegios similares al Padroado.
Sin embargo, debido a cuestiones relacionadas con la cultura parroquial y la actividad misionera portuguesa, a la iglesia se le concedieron ciertos privilegios y hasta el día de hoy no se considera oficialmente una iglesia parroquial.
Con la independencia de la India en 1947, la situación volvió a cambiar y se hizo necesario un nuevo acuerdo.