En un cifrado por transposición, las unidades del texto plano son cambiadas usando una ordenación diferente y normalmente bastante compleja, pero las unidades en sí mismas no son modificadas.
Por el contrario, en un cifrado por sustitución, las unidades del texto plano mantienen el mismo orden, lo que hace es sustituir las propias unidades del texto plano.
Si el cifrado opera sobre letras simples, se denomina cifrado por sustitución simple; si opera sobre grupos de letras se denomina, poligráfico.
Se dice que un sistema de cifrado de sustitución simple es monoalfabético cuando cada carácter se sustituye siempre por un determinado carácter del alfabeto del texto cifrado.
Si cada símbolo del texto en claro es sustituido por un símbolo distintos del texto cifrado y sea n el número de símbolos el número de símbolos del texto en claro, vemos que el posible número de sustituciones que se pueden definir es el número posible de permutaciones, es decir, n!.
Es decir, en el sistema hay implicados varios alfabetos y dependiendo de la circunstancias se aplicará uno u otro.
En cierto modo, actúan como cifrados monoalfabéticos, pero como codifican bloques homogéneos existen muchos más bloques de letras que letras y eso dificulta las técnicas de criptoanálisis.
[4] Del mismo modo, los modernos sistemas criptográficos, al traducir las letras del alfabeto empleando el código ASCII cambian una letra por una sucesión de ceros y unos que pueden ser cifrados aparte y considerados individualmente.
Cuando se tratan las distintas partes de los caracteres como si fueran elementos completamente distintos, puede alcanzarse la difusión de Shannon o hacer que dos textos claros prácticamente idénticos den lugar a dos textos cifrados completamente distintos como ocurre con el cifrado Hill o con el cifrado IDEA.