Es mucho más común ver los mamíferos domésticos, como las vacas, burros, chivo, borregos, y caballos que pastan en el cerro.
Algunos pájaros residentes son el Trogón mexicano, el zopilote, la caracara común o quebrantahuesos, el correcaminos, y muchos otros.
En el cerro se crían los escarabajos negros que bajan en junio o agosto al valle.
Estas áreas perturbadas se pueblan de árboles invasivos como la higuerilla o la jacarandá.
Otras áreas han sido forestadas con árboles exóticos como eucalipto australiano y casuarina, que degradan el terreno oaxaqueño.
La selva baja caducifolia es la parte más seca del parque, donde la mayoría de las plantas son caducas.
Entre los árboles más comunes: guaje (Leucaena esculenta) el palo mulato (Bursera simaruba), el timbre (Acacia angustissima), la árnica (Montanoa spp.
), el nanche rojo (Bunchosia cornifolia), el espino (Vachellia farnesiana), la pitaya (Stenocereus stellatus), el nopal (Opuntia tomentosa), el cedro oaxaqueño (Cedrela oaxacensis) y el cuatle (Eysenhardtia polystachya).
En estos bosques se encuentra una especie de orquídea endémica al cerro, Malaxis pollardii.
El poleo, un arbusto del bosque templado, es usado para preparar un té para curar la diarrea, el malestar estomacal, y la cruda.
Las dalias, las orquídeas, y las azucenas silvestres son recolectadas para uso ornamental, lo cual contribuye a su extinción.