Es el único organismo en el país regido por una comisión intersecretarial, encabezada por el presidente de la república y con el titular de Medio Ambiente y Recursos Naturales como secretario técnico, así como la participación de nueve secretarías federales más.
La relación establecida entre los pueblos mesoamericanos con su entorno tuvo un desarrollo amplio, por lo que al arribo de los españoles dichos pueblos tenían un vasto conocimiento entorno natural, aunque no se cuentan con documentos previos a la conquista que así lo testimonien.
Otras importantes investigaciones naturales fueron las hechas por Alexander von Humboldt y Aimé Bonpland, quienes viajaron de 1789 a 1804 por territorios americanos aportando un mayor conocimiento natural que fueron publicados en la obra ''Nova genera et species plantarum''.
En el siglo XIX destacó la expedición hecha por los naturalistas inglesesOsbert Salvin y Frederick DuCane Godman, quienes publicaron sus investigaciones en la obra ''Biologia Centrali Americana''.
Dicho sistema funciona como columna vertebral de la comisión.