En la segunda etapa, los dos mejores equipos al cabo de las 30 fechas disputaron el título nacional en una final con partidos de ida y vuelta.
Asimismo, los tres equipos subsiguientes clasificaron a la Copa Sudamericana 2012.
Finalmente, los equipos que ocuparon las dos últimas posiciones perdieron la categoría.
Hubo 2 Descensos en la Temporada 2010 y 2 Ascensos (1 Campeón de Copa Perú y 1 Campeón de Segunda División) en esta Temporada.
Dado que ambos equipos igualaron en puntos (en los partidos de ida y vuelta no se tomó en cuenta la diferencia de goles), se jugó un tercer partido para definir al campeón de la temporada.