Inició su carrera como jugador juvenil en Universitario de Deportes, al cual llegó a jugar en el primer equipo.

Asimismo, su persona ha sido motivo de las más variadas referencias en la cultura popular peruana.

[2]​ Apodado "Cuto", hizo su debut internacional en 1996 y fue fundamental para ayudar al equipo a ganar la Copa Kirin, la segunda vez que su país ganó el torneo internacional, donde participó en los dos partidos.

El entrenador del equipo, Valére Billen, recibió un video con las mejores jugadas de “Cuto” y quedó impresionado.

En aquella temporada, el equipo tuvo una campaña regular, sin embargo no llegó a ocupar ninguno de los primeros puestos.

A pocas fechas de haberse iniciado el Torneo Apertura 2007, Jorge Amado Nunes fue cesado por la anterior dirigencia del club por la oposición que generaba su presencia entre los principales referentes del plantel,[3]​ Sin embargo, después de las elecciones, la nueva directiva dirigida por Gino Pinasco decidió reinstalar a Nunes,[4]​ decisión que también supuso la resolución de su contratos así de futbolistas como Piero Alva, Gregorio Bernales entre otros.

Se consagró en la titularidad y a término de las treinta primeras fechas se ubicó en el segundo lugar del torneo, jugando la liguilla como cabeza del grupo de los pares con 56 puntos.

Dicho resultado, pues, se convirtió en un hito histórico para el pueblo huanuqueño: el equipo obtuvo automáticamente la clasificación a la Copa Libertadores, primer certamen internacional de los huanuqueños en su historia.

(...) La humildad, ¡Hoy voy a comerme una carapulcra con sopa seca!»[7]​Ese fue su segundo título profesional para Guadalupe, formó parte del primer equipo saliendo campeón esa temporada.

Pese a esta derrota, el Real Garcilaso quedó entre los ocho mejores equipos de Sudamérica.

El Real Garcilaso acabó La Liga en primera posición con 57 puntos en la tabla acumulada.

Al inicio de 2014 se cuenta con Franco Navarro como nuevo técnico y un casi renovado plantel.

Guadalupe jugó veinte partidos de liga y su equipo terminó octavo en el acumulado del torneo peruano.

En el ámbito internacional, disputó la Copa Sudamericana, llega hasta los cuartos de final, colocándose entre los 8 mejores equipos del torneo, hecho histórico para el club y la ciudad de Trujillo.

Para la temporada 2015, Luis Guadalupe llegó a un contrato con el Centro Cultural Deportivo Los Caimanes, previo a ello anuncio de esta que sería su última etapa como futbolista profesional y según expresó, «Hay un acercamiento con la directiva de Juan Aurich con la idea de poder jugar mi último año y retirarme del fútbol.

Como se dice criollamente el próximo año pienso colgar los chimpunes».

[9]​ Junto a él llegaron al plantel los futbolistas Johnny Vegas, Mario Gómez, Michael Guevara y Maximiliano Antonelli.