Actualmente es consejero Regional de Arequipa "El Cachete" Zúñiga inició su carrera futbolística en 1994 jugando en la Segunda División del Perú con el Unión Huaral; luego en 1995 con el club Guardia Republicana, logrando ese mismo año el ascenso a Primera División.

Sus goles con el cuadro tacneño le permitieron dar el salto a la primera división en 1999 cuando es contratado por el FBC Melgar de Arequipa, logrando igualar ese año el por entonces récord de máximos goles anotados en una temporada que ostentaba Pablo Muchotrigo, que en el Campeonato Descentralizado 1974 anotó 32 tantos con la camiseta del FBC Melgar.

Esta buena campaña llamó la atención del club Coventry City, que por ese entonces disputaba la Premier League, el cual lo contrató a inicios del año 2000, en ese equipo compartió la delantera con Robbie Keane.

Luego se va a México para jugar en el Cruz Azul el primer semestre del 2003, donde compartió el equipo con su compatriota John Galliquio y el ataque con el uruguayo Sebastián Abreu, luego regresa a Perú para jugar en el club Universitario de Deportes.

En febrero del 2005 regreso a Europa para pasar pruebas en el futbol búlgaro, sin mucha suerte.