Club Atlético Universidad Nacional San Agustín

Durante las tres décadas siguientes cumplió campañas regulares al interior de su liga y no tuvo participación en las distintas etapas de Copa Perú, pues quedaba desplazado por otros equipos de mayor renombre y jerarquía como el Sportivo Huracán, el FBC Piérola y el FBC Aurora, que incluso llegaron a militar en la máxima división del fútbol peruano.

En ese año se corona por primera vez en su historia campeón del departamento de Arequipa y se convierte, por tanto, en el único representante arequipeño en la Etapa Regional de la Copa Perú 2000, donde resultó eliminado a manos del Coronel Bolognesi.

La segunda campaña destacable se dio al siguiente año, en el que impone condiciones en el departamento de Arequipa y disputa nuevamente la Etapa Regional.

Entre los jugadores que destacaron del equipo que campeonó en la Copa Perú 2002 se encuentran los siguiente: Christian Zúñiga, Jorge Alegría, Álex Paredes, Augusto Rossel, Nick Montalva, Javier Cárdenas, José Mancco, Larry Yáñez, Héctor Rojas, siendo el entrenador el recordado Elmer "Cachito" Lozada, Asistente Técnico: Walter "Cacho" Lozada, Preparador Físico: Edde Dianderas, Preparador de Arqueros: Ricardo "Rocoto" Medina, Jefe de Equipo: Reynaldo Arenas, Delegado Humberto Rueda, Médico: Dr. Percy Barrionuevo, Kinesiólogo.

Finalmente mediante una resolución se decidió proclamar campeón a Alianza Lima que iba primero en la clasificación en el momento de la suspensión del campeonato.

Pero al no respetarse las Bases del Campeonato, toda vez que en el torneo 2004 se produjo la baja del Estudiante Medicina Ica-Grau de Piura y Wanka de Huancayo y al seguir manteniendo el sistema de promedio para definir la baja tuvo que descender a Segunda, pese a terminar a media tabla en el torneo 2005.