Para ese entonces, Cienciano utilizaba como uniforme una chompa roja, ribete blanco, pantalón negro, gorra y zapatos ingleses.Cienciano logró ser campeón de la Liga Departamental cuatro veces más, durante los años 1924, 1927, 1928 y 1929, respectivamente.Durante los años 30, Cienciano no presentó el protagonismo al que tenía acostumbrado a la afición, dado que sólo pudo campeonar dos veces la Liga del Cusco y fue así su década más escasa en cuanto a trofeos y títulos.[25] Los jugadores más emblemáticos en dicha época fueron Luis "Chuto" Barra, Tomás Varela, Leoncio "Cholo" Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacón "Maquisapa" arquero, Juan "Chiflas" Aguilar y el "negro" Oswaldo Rubio.Cienciano logró nuevamente demostrar su dominio en la Liga Departamental del Cusco, consiguiendo así campeonar en 1944, 1945 y 1948.[26][27] El terremoto del año 1950 generó que parte del colegio Nacional de Ciencias y Artes se derrumbe, ocasionando que los estudiantes del colegio tengan que mudarse por dos años al colegio Inca Garcilaso de la Vega, de donde nace la rivalidad y a futuro el clásico cusqueño entre Cienciano y Deportivo Garcilaso.Cienciano ya gozaba de grandes jugadores, como los hermanos Castañeda: José, Walter y Nilo que jugaron en dicha época, por lo que como era costumbre, mostraban su habilidad y dominio del elenco rojo en la Liga Departamental, obteniendo 6 títulos en 1961, 1962, 1964, 1965, 1966, 1967.Así el elenco rojo ya iba marcando la pauta y se iba preparando para las ligas mayores, por lo que en dicha década resaltaron grandes jugadores como los hermanos Castañeda mencionados anteriormente, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, "Cheché" Vásquez, Olmer "cogollo" Zapata, "Wachi" Washinton Miranda, "Papu" Zúñiga, "Fato" Cornejo, "Chino" Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado (perteneciente a la antigua familia Vargas del barrio Santa Ana en Cusco), Juvenal Anaya.Sívori sabía que no se toleraría otro fracaso como el acontecido 4 años antes, cuando los gauchos quedaron afuera del Mundial de México, eliminada por Perú.La AFA se entera de que la selección de Paraguay había pactado partidos amistosos en la ciudad del Cusco (3.400 m s. n. m.) con el equipo de Cienciano del Cusco que tenía como entrenador al Argentino Jorge Vichera, por lo que contactan con este y los dirigentes de Cienciano y acuerdan un partido amistoso, para el cual envían un directivo de la AFA y Miguel Ignomiriello, para acordar los pormenores que se les proponía, como son lugar de hospedaje, entrenamientos, etc. Es así que a los quince días llegan a la ciudad imperial un grupo de jugadores que años después llegaron a ser campeones del mundo en 1978, quedándose 21 días y esta selección lo conformaban Ubaldo Matildo Fillol, Mario Kempes, Daniel Valencia[cita requerida], Roberto Mouso,[31] Troncoso, Rubén Glaria, Aldo Poy, Marcelo Trobbiani, Rubén Galván, Cortés, Oscar Fornari, Ricardo Bochini.En esa ocasión Cienciano lo conformaban Dante Fébres, Herbert Yépez, Edmundo Gamarra, Juan Tardío, Javier Buendía, Ovidio Larramendia, Arturo Olazabal, Oscar Alberto Zegarra Sáenz, Teodoro Alfaro, Lucho Cuba, Pablo Muchotrigo.Cuando se bajó vio que pocos reaccionaban y todos presentaban cuadros de intoxicación, llegaron a una posta médica y les dieron ayuda; se salvaron "de una buena", relató el utilero del club en los últimos 34 años.Los jugadores más emblemáticos entre los 40 y 50 fueron Luis "Chuto" Barra, Tomás Varela, Leoncio "Cholo" Paz, Teodulfo Paliza, Carlos Ñaccha Pérez (el mejor de su época), Jorge Chacon "Maquisapa" arquero, Juan "Chiflas" Aguilar y el "negro" Oswaldo Rubio.En los 60 y 70 destacaron los hermanos Castañeda, Pepe, Nilo, Walter, Miguel y Humberto, Virrueta, Cuentas, Sócrates Silva, Lucho Centeno, Juan Arroyo, "Cheché" Vásquez, Olmer "cogollo" Zapata, "Wachi" Washinton Miranda, "Papu" Zúñiga, "Fato" Cornejo, "Chino" Luis Morales (era titular en Universitario, cuando Oblitas era suplente como puntero izquierdo), Enrique Araoz, “Kjuro” Delgado, Juvenal Anaya.Para el Clausura el entrenador Carlos Daniel Jurado formó su equipo con los porteros Mauriño Mendoza, Riofrío, Roberto Martínez, Cristian García, Carlos Maldonado, Frank Palomino, Gilberto Flores, Molina, Candía, Cumapa, Villanueva, Ortega, Gabriel Rodríguez, Carrasco, Prado, Martínez, Ramón Rodríguez, Roggeiro.Un merecido título para una institución que planificó las cosas bien, bajo la batuta de Juvenal Silva, formando un equipo competitivo bien ensamblado en todas sus líneas, imbatibles en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega mostrando un fútbol homogéneo, práctico y contundente, dejando en camino a los mal llamados equipos grandes en ese entonces.Posteriormente perdió el título nacional frente a Alianza Lima, campeón del Torneo Apertura y que también festejaba su centenario ese año.Pese a ello, Cienciano no logra ganar el título nacional ese año ya que Sporting Cristal gana el Torneo Clausura y así juega la final nacional contra Alianza Lima.Ese mismo año Cienciano con sus figuras que se mantenían quienes habían sido campeones tanto como la Sudamericana 2003 y la Recopa Sudamericana 2004 como Óscar Ibáñez, Alessandro Morán, Carlos Lugo, Juan Carlos Bazalar, Julio García, Miguel Mostto, Sergio Ibarra, César Ccahuantico, Ramón Rodríguez, Giuliano Portilla entre otros.Cienciano no pudo ganar la final ante 35 000 espectadores, perdió con un gol hecho por Carlos Zegarra en el minuto 45 del primer tiempo.Sin embargo, en la segunda rueda del campeonato hubo una pelea interna entre el técnico Marcelo Trobbiani y Julio García, por lo que Trobbiani dejó el club y se nombró como nuevo entrenador a Carlos Daniel Jurado.En aquella segunda rueda, Cienciano solo obtuvo doce puntos, por lo que finalizó en el octavo lugar del campeonato, sin chance a poder estar en un torneo internacional en 2012.En la Liga 1 2024 Cienciano tuvo una gran actuación en el Apertura con Oscar Ibañez teniendo solo 3 derrotas, pero en el comienzo del Clausura en su primer partido lo ganó con doblete de Garces por 2-1 ante Comerciantes unidos, pero luego cayeron de local 0-1 ante ADT y por 5-1 en Lima ante Sporting Cristal.Por sus aulas queridas y nobles, Desfilaron prohombres de bien, Que muy alto su gloria llevaron, Cuya ruta sabremos seguir.Del Perú nuestra patria gigante, Fuimos siempre gallarda legión, Y sus sienes un tiempo gloriosas, De laureles sabremos ceñir.(3 Veces) Otra Canción Icónica del Club Cienciano, Interpretada por El Grupo DO-RE-MI, Edy Cuellar.Otros dicen que en los primeros años de fundado el colegio, muchos alumnos se trasladaban sobre piajenos a clases, los cuales quedaban amarrados en las afueras del centro educativo.El 29 de diciembre del 2018 se inauguró un museo dedicado al club centenario, y hasta la fecha, junto con la "U" son los únicos clubes del Perú en tener su propio museo deportivo donde se exhiben su historia a sus hinchas y socios.Otro club cusqueño recientemente ascendido y que se integra a esta rivalidad es Cusco FC.Cienciano también tiene otro clásico rival que es Melgar, siendo los clubes con mayor cantidad de aficionados en el sur del país.
