El relieve del municipio es predominantemente montañoso e incluye el parque natural de Pagoeta.La altitud oscila entre los 714 metros (monte Pagoeta) y el nivel del mar.Hacia mediados del siglo XIX, el lugar, ya por entonces con ayuntamiento propio, tenía contabilizada una población de 2069 habitantes.Por otro lado las pinturas situadas en una galería superior, conocida como Altxerri B, han sido datadas en un estudio de 2013 como las pinturas rupestres más antiguas en Europa, con una edad estimada de 39 000 años.La cueva no está abierta al público ni existe una réplica para visitarla.Aya también comparte con municipios vecinos las estaciones megalíticas de los montes Andatza y Ernio.Debido a su configuración dispersa con 11 barrios, más el casco del pueblo, abundan los templos religiosos en Aya, que cuenta con varias iglesias (actualmente hay tres parroquias católicas en el municipio) y ermitas.El caserío mantiene un pequeño museo que versa sobre el medio físico y etnográfico de Pagoeta.Así mismo, también ofrece un taller didáctico y varios soportes interactivos.
