El aeropuerto maneja tanto vuelos nacionales como internacionales y está abierto las 24 horas del día.
Ha sufrido desde entonces diversas modificaciones y modernizaciones hasta convertirlo en las instalaciones actuales que reciben su nombre oficial en homenaje al jurista y patricio Manuel Crescencio García Rejón, creador del juicio de amparo.
Una remodelación importante fue realizada en 1968 durante la administración del gobernador de Yucatán Luis Torres Mesías.
El aeropuerto ha recibido a figuras políticas y religiosas importantes, como el Papa Juan Pablo II o los Presidentes de Estados Unidos Bill Clinton y George W. Bush, al Presidente de China, Xi Jinping o al Presidente de Estonia, Lennart Meri.
Cuenta con las exclusivas salas de Aeroméxico, el Salón Premier y el Caral VIP Lounge.