Esto permitió a Aviacsa extender su cobertura al norte y centro de México, operar rutas hacia los Estados Unidos y crear una división de vuelos chárter.

En el lugar fallecieron veintisiete personas, en su mayoría peregrinos que se dirigían a la Ciudad de México para recibir al papa Juan Pablo II.

La aerolínea, entonces, fue refundada como Consorcio Aviaxsa S.A. de C.V., aunque conservó el nombre comercial "Aviacsa".

[1]​[2]​ En septiembre del mismo año, se incorporaron dos un BAe 146 a la flota de la compañía, lo que permitió inaugurar rutas hacia Oaxaca, Cancún, Chetumal, Mérida y Villahermosa, así como eventuales servicios chárter hacia Miami y Santiago de Cuba.

[1]​ El mismo año, se sustituyeron los BAe 146 por cuatro aviones Fokker-100, con el propósito de aumentar las frecuencias entre destinos, así como abrir una ruta hacia Monterrey.

[3]​[1]​ Además, la aerolínea estableció nuevas oficinas en Monterrey, lo que le permitió empezar su expansión en el norte de México, abriendo nuevas rutas hacia Morelia, Mexicali, Hermosillo, Tijuana y el sur de los Estados Unidos.

[3]​ Ese mismo año, Aviacsa dio a conocer que después de tres años, su división chárter había operado 1020 vuelos en Estados Unidos, el Caribe y América Central.

Así mismo, inauguró nuevas rutas hacia Acapulco, Puerto Vallarta, Guadalajara, Ciudad Juárez, Tampico, Culiacán y León.

[3]​ También, en 1999 la compañía presentó un cambio en su imagen corporativa; se introdujo, como diseño en el estabilizador vertical del avión, el perfil del rostro de Pakal, emperador maya cuya tumba fue encontrada en el templo de las Inscripciones en la zona arqueológica de Palenque, así como una sonrisa en la parte delantera inferior del avión.

[3]​ Al año siguiente, inició operaciones en el aeropuerto de Toluca e inauguró rutas hacia Veracruz y Durango.

[14]​[15]​ Por esta razón, Aviacsa hizo un esfuerzo por reestructurase y mantener precios que le permitieran competir con los nuevos actores en el mercado aéreo mexicano.