En 2003, la terminal fue renovada y expandida, y ahora cuenta con áreas separadas para los vuelos nacionales e internacionales, 8 puertas de embarque, 6 para vuelos internacionales y 2 para nacionales, además de todos los servicios que un aeropuerto internacional puede ofrecer.

Para 2021, Cozumel recibió a 531,675 pasajeros, mientras que en 2022 recibió a 663,270 pasajeros según datos publicados por Grupo Aeroportuario del Sureste.

El Aeropuerto de Cozumel funciona también como la Base Aérea Militar No.

4 General Eduardo Aldasoro Suárez de la Fuerza Aérea Mexicana que además de hacer uso de la pista 05-23 cuenta con una plataforma de aviación de 2,550 metros cuadrados con 5 posiciones, 2 helipuertos y un pequeño hangar, Esta base aérea es sede del Escuadrón 201 que participó en la Segunda Guerra Mundial y que actualmente opera aeronaves T-6C+.

Se presta servicio a 12 ciudades extranjeras, 10 en Estados Unidos (5 estacionales) y 2 en Canadá (estacionales) a cargo de 7 aerolíneas.