Fue fundado en el año 2007 por Jorge Hank Rhon y juega en la ciudad de Tijuana, Baja California, México.[14] El equipo se coronó campeón del Apertura 2010 después de haber finalizado como líder general con 38 puntos, lo que les daba el pase directo a semifinales.En semifinales se enfrentaron al equipo veracruzano Albinegros de Orizaba quedando 0:0 en global, pero por su posición en la tabla avanzó a la final contra Tiburones Rojos de Veracruz.En el partido de ida los "Xolos" sorprendieron y ganaron de visitante 0:2 en el estadio Luis "Pirata" Fuente en Veracruz, mientras en su cancha, en el estadio Caliente, ganaron de nuevo 1:0 y así Tijuana consiguió medio boleto hacia Primera División.[20][21] El debut del equipo tijuanense marcaba recibir a Club Atlético Monarcas Morelia en la Jornada 1.Tres fechas posteriores, Xolos consiguió su primera victoria como visitante ante Santos Laguna por 1-3, y su primer triunfo como local ante Pachuca por 3-2, llegando a colocarse 15.º del torneo.Sin embargo en los siguientes partidos solo pudieron conseguir 1 victoria, finalizando el torneo en el lugar 15.º de 18 equipos, sumando 18 puntos producto de 3 victorias, 9 empates y 5 derrotas.Tras un excelente Torneo Apertura 2012, logró la calificación a la Copa Libertadores 2013 ya que terminó segundo de la tabla general con 34 puntos, solo detrás del Toluca.[24] Posteriormente se realizaron renovaciones en su diseño final aumentando su capacidad para albergar el mundial sub-17 de 2011 de la FIFA, pero en octubre de 2010 fue rechazado el estadio por FIFA para albergar dicho mundial, por lo que se seleccionó al Estadio Corregidora como alterno por si era necesario para partidos.A continuación se enumeran en orden cronológico el fabricante de las indumentarias y los patrocinadores del club que ha tenido desde 2007.El equipo canino contó con una filial en Segunda División de México, llamado Club Tijuana Premier.Por último, se cuenta con un equipo en la Liga MX Femenil, fundado por Marbella Ibarra.También cuenta con un equipo asociado en el Ascenso MX llamado Dorados de Sinaloa, el cual tiene la certificación para ascender a la máxima categoría en caso de conseguirlo.