A mediados del año 2006 volvió al fútbol argentino para desempeñarse en San Lorenzo de Almagro, con el que consiguió su cuarto título nacional.En 2009 obtuvo su quinto galardón nacional con el Club Atlético Banfield, el Torneo Apertura 2009, y posteriormente se retiró de la práctica profesional del fútbol.[1] A mediados de 2010 le preguntaron a Diego Maradona si le hubiese gustado jugar con Lionel Messi en el mismo equipo y sorprendió a todos con su respuesta: "hay una sola cosa de la que me arrepiento en mi carrera y es haberme retirado antes de poder jugar en un equipo con Sebastián "el Gallego" Méndez.Es para mí el mejor defensor que vi jugar al fútbol"[2][3] En el año 1999 disputó dos partidos para la Selección Argentina sin llegar a convertir.[7][8] En diciembre de ese año asumió como técnico del Club Atlético Platense en la misma división.En abril de 2017 llegó a Belgrano donde fue despedido unos meses más tarde por malos resultados.[20] En enero de 2021, comenzó su segunda etapa en Godoy Cruz y reemplazó a Diego Martínez.[23] Se mantuvo en su cargo hasta mayo de 2022 donde dejó la dirección técnica por "razones personales".
"El Gallego" Méndez en un partido durante su estancia en el Real Club Celta de Vigo
