Aguilar, comenzó su carrera futbolística en el Sportivo Luqueño, donde en 2004 debuta en la Primera División del fútbol paraguayo, con este club lograría el Torneo Apertura 2007.

A mediados del 2012, su exentrenador en Colón, Antonio Mohamed, lo convence para fichar por el Club Tijuana de la Primera División de México; en los Xolos sería una gran figura y pieza clave para el Torneo Apertura 2012 (México), en donde el club del norte, se consagraría campeón por primera vez de la Primera División de México, ya que marcó 6 goles en el Torneo.

El 21 de mayo de 2018 se confirma su transferencia al Cruz Azul Fútbol Club en donde se convirtió en un referente del equipo cementero el cual comenzaba un sólido proyecto en busca del título, alcanzarían el primer lugar de la tabla general al finalizar el Torneo Apertura 2018 (México) en el cual llegaron a la final, misma que perdieron frente al Club América, exequipo del paraguayo.

Fue citado por el entrenador uruguayo Gerardo Pelusso para encarar las Eliminatorias Sudamericanas 2014 con la camiseta de su país.

Aguilar marcó su primer gol en su debut en un partido en el que Paraguay venció a Perú 1-0 en Asunción.