Una vez habiendo registrado al equipo, el siguiente paso, era definir el uniforme que portarían los primeros integrantes del plantel.

El mote Canarios nace por el color amarillo de su uniforme, ya que en un principio no se podían hablar los jugadores en el campo, a lo que los jugadores del Morelia se silbaban para pedir el balón a sus compañeros de equipo.

El resultado final fue 1-1 y la anotación del conjunto michoacano fue obra de delantero costarricense Carlos Láscarez.

Para evitar su desaparición, Félix Cerda Loza tomó la administración y redujo la nómina dando de baja a los jugadores extranjeros.

En dicha final el conjunto purépecha se enfrentó a los conocidos como Cremas del América quienes ganaron la Copa al doblegarlos por 4-0.

En la temporada 1967-1968 el equipo tuvo un declive importante, con apenas 17 puntos en 30 juegos, 6 triunfos, 5 empates y 19 derrotas, 23 goles a favor y 58 en contra, el descenso se definiría en la penúltima jornada, el jueves 18 de enero de 1968 cuando la Pandilla del Monterrey empató contra el Atlas a cero goles, en Guadalajara, Jalisco, así, el Monterrey llegaba a 20 puntos dejando al Morelia con 15 unidades con solo 4 puntos más en disputa.

Don Nicandro Ortiz hizo su aparición en el equipo Morelia, como socio accionista en la temporada 80-81, siendo el presidente del club, el Ingeniero Guillermo Villicaña.

Al finalizar esa temporada Don Nicandro Ortiz era, ahora sí, único dueño del Club Atlético Morelia.

Esta temporada, siendo su segunda campaña en la Primera División, el Morelia tuvo que jugar su permanencia contra los Cañeros de Zacatepec.

El Apertura 2006 comenzó bajó la dirección de Hugo Hernández, quien fue sustituido en la fecha 10 por Marco Antonio "Fantasma" Figueroa.

Para el Clausura 2007, todavía bajo la dirección del "Fantasma" Figueroa, el equipo adquirió jugadores como Nicolás Pavlovich, Jesús Mendoza y Hugo Sánchez (homónimo), que no rindieron lo esperado.

Al final del torneo quedó en décimo lugar con 22 puntos, producto de 7 juegos ganados, 1 empatado y 9 perdidos, que le dio derecho a disputar la repesca contra el Atlas.

El marcador global fue 1-1, pero el Atlas avanzó a la siguiente instancia, en virtud por haber tenido mejor posición en la tabla general que el cuadro michoacano.

Para este torneo dio de alta a los brasileños Vanderson de Souza y Marcinho, al uruguayo Gabriel Choy González, al argentino Mauricio Martín "Pampa" Romero, así como a los mexicanos Alejandro Leyva, Luis Ángel Landín y Ricardo Martínez.

Su tercer juego fue contra el San Luis con el que le ganó 2-1 por Fernando Salazar de penal y empató San Luis con un penal que cobró Alfredo "Chango" Moreno y en el último minuto anotó Hugo Droguett por Monarcas.

Después perdió con el Cruz Azul 3-0 siendo el único juego que perdió en el Morelos con gol de Emmanuel Villa después le siguieron Gerardo Lugo y Alejandro Vela en ese torneo llegaron como terceros de la general a la liguilla y así obtuvieron su pase directo a la Copa Santander Libertadores 2010.

Mientras que en el Estadio Morelos todo cambió al ser goleado 3-0 con goles de Wilson Tiago, Miguel Sabah y por último el capitán Mauricio Martín Romero llegando así a semifinales en las que empató primero en Morelia 0-0, después en el Estadio Azul ganó Cruz Azul 2-1 metiendo el primero Miguel Sabah, empatando después el Chuletita Orozco y por último anotó Tito Villa, partido que tuvo una gran polémica por una mano metida en el aérea por Joel Huiqui cuando Tiago metería un gol, así no pudo llegar a la final que sería ganada por los Rayados de Monterrey.

Los michoacanos llegaron a la final contra los Pumas, la cual fue muy polémica, ya que la Federación Mexicana no vetó el estadio por los desmanes causados por el aficionado de Cruz Azul que invadió la cancha y permitió su realización en el estadio de los michoacanos.

El juego de ida terminó 1-1, por los universitarios anotó Francisco Palencia y por los michoacanos Joao Rojas, pero el juego de vuelta en CU cambió la historia por completo, apenas transcurridos 14 minutos del encuentro el árbitro Marco Antonio Rodríguez, marcó la pena maxíma en favor de los Pumas, y con un tiro magistral de Palencia los auriazules ya casi tenían el título en sus manos, pero a los 25 minutos Jaime Lozano emparejó los cartones por la misma vía, poniendo el 2-2 global, vendría el segundo tiempo y a los 77 minutos Javier Cortés aprovechó una jugada clave y anotó el gol que le daba a los felinos su séptimo título por marcador global de 3-2, siendo la cuarta final disputada por Morelia y la tercera como subcampeón.

Su rival en la final sería el Atlas, con quien había jugado en su mismo grupo y que dejó en el camino a los Alebrijes de Oaxaca.

A partir del Apertura 2015, el equipo se metió en graves problemas por el descenso, ya que en los dos torneos pasados Monarcas solo consiguió 10 y 13 puntos respectivamente, por ello llegó un viejo conocido, que ya alguna vez había salvado a la monarquía, Enrique Meza como Director Técnico, en el Apertura 2015 Monarcas se quedó a 4 puntos, aunque si hubiera ganado en la última jornada, hubiese quedado en 8°.

En el Clausura 2016 la primera parte del torneo, se pareció mucho al del anterior con altibajos, pero para la segunda todo cambió, de 21 puntos posibles consiguió 18, en 5 victorias consecutivas, se clasificó a liguilla con 28 puntos algo que el equipo, no hacia desde el Apertura 2013.

Durante el Clausura 2019, Roberto Hernández se va de la dirigencia del club, que pasa un mal momento.

[16]​ En su primer torneo en la Liga de Expansión MX consiguieron llegar a las semifinales cayendo eliminados contra el Atlante Fútbol Club.

Logró clasificarse como segundo lugar y junto con el América entraron a la siguiente ronda de la Copa Libertadores 2002.

Este torneo fue malo para el equipo y una vez más no logró su clasificación a los cuartos de final al obtener 4 empates, 2 derrotas y ninguna victoria pero todavía así llevándose el punto extra del enfrentamiento ante Querétaro por gol de visitante.

Esta edición fue regular para el equipo ya que no se logró clasificar a la siguiente ronda tras haber tenido 2 victorias, 3 empates y una derrota, quedando así situado en el segundo lugar del grupo con 11 puntos.

A continuación se muestra la lista de patrocinadores actuales del club (Clausura 2022): Akron ArcelorMittal Michoacán Construye Morelia brilla Puruándiro Cemex Tolteca Extra Comex

Pizza Hut Starbucks Calidra Caliente.mx Caja Morelia Valladolid Harinera Monarca Servi-Med Electrolit Gas del Lago Teqball México Agromich Biocup Cosmocel Spor Hakem Soccer Supplement D'co Morelia Salsa Huichol Pinturas Perdura Autovías Abarrotes La Violeta El Pollo Choncho MásChurro TopTaste Donuts Telecable Red Cola Innova Ice GNU Gas Natural Mediotiempo.com El Estadio Morelos es un estadio de fútbol ubicado sobre el periférico paseo de la República, en el sector Independencia, al noroeste de Morelia, Michoacán.

Asimismo, en este inmueble se han llevado a cabo eventos diversos, como conciertos, reuniones de carácter religioso y misas.