En septiembre de 2003, Gabe Newell anunció que una gran parte del código fuente del juego había sido robado por un hacker muy famoso y conocido que se llamaba Axel Gembe [cita requerida].Tras muchos retrasos y una nueva puesta en escena en el E3 2004, finalmente se distribuyó el 16 de noviembre de 2004, por tiendas y por Steam (la cual se saturó debido a las descargas).Gordon Freeman aceptó trabajar para G-Man tras derrotar a Nihilanth, tras lo cual fue puesto en un estado de hibernación, donde ha quedado congelado en el tiempo.Los Xenianos habían sido anteriormente conquistados por otra raza alienígena llamada La Alianza.La Alianza (The Combine, en inglés), es una fuerza interdimensional, formada por razas modificadas de todos los mundos que conquistan, es decir, una multi-raza o raza híbrida, que ha conquistado infinidad de mundos y universos.Una vez que todos han sido convertidos y la resistencia eliminada, los seres originales de la Alianza ocupan el planeta.La Alianza vence a las fuerzas terrestres en una guerra conocida como la "Guerra de las Siete Horas", masacre en la que derrota a la tierra y consigue su rendición en tan solo siete horas.Para propagar la invasión mundial, en las diversas ciudades se erigen gigantescas torres a modo de fortalezas que se extienden sobre las zonas urbanas circundantes y que se mantienen "limpias" de las criaturas salvajes Xen que han invadido el resto del mundo; cada una de estas estructuras son conocidas como "ciudadelas".Durante los meses siguientes a la invasión parte de los humanos es capturada y mutada.Estos entes responden al nombre de "Acechadores" (Stalkers en inglés) y se los puede ver tanto al final del juego original como durante la expansión Episodio Uno, donde el jugador debe enfrentarlos.Ellos responden al nombre de "Protección Civil", o Metrocops en su idioma original.(La historia continúa en Half Life 2: Episode One) Artículo principal: Gordon Freeman Al igual que el juego anterior, Gordon Freeman es el protagonista de la historia.Ella es actualmente una figura destacada en la resistencia humana contra La Alianza, y también compañera de Gordon, quienes tienen un lazo muy fuerte.Artículo principal: Barney Calhoun Protagonista de Half Life Blue Shift.Ella parece tener cierta preferencia hacia Eli, siendo lo que, al final del juego, hace que recobre la cordura y ayuda a Gordon, Alyx y Eli a escapar de Breen.Artículo principal: Dog Dog es la mascota robot de Alyx, quien fue construido por Eli para protegerla cuando ella era una niña, aunque al correr de los años Alyx le fue añadiendo mejoras.Luego de que Freeman acepta, G-Man lo pone en animación suspendida durante 20 años.[2] Newell declaró que un título más exacto para estos episodios habría sido "Half-Life 3: Episode One" y así sucesivamente, habiéndose referido a los episodios como Half-Life 3 repetidamente durante la entrevista.Dos días después del lanzamiento, Half-Life 2 alcanzó alrededor de 60.000 jugadores concurrentes en Steam.
