Si bien originalmente habían apuntado a un lanzamiento en 2009, el equipo se dio cuenta de que se habían apresurado hasta este punto y revaluaron sus esfuerzos para mejorar la calidad de la nueva versión.

El elogio se dirigió hacia la jugabilidad y la atención al detalle, comparándolo como si fuese un lanzamiento oficial de Valve, así como por las mejoras que habían realizado en los capítulos de Xen.

[3]​ Como en el videojuego original, el jugador controla a Gordon Freeman, un físico teórico que trabaja en Black Mesa Research Facility.

Al llegar a la superficie, sin embargo, descubre que las instalaciones están siendo limpiadas de cualquier ser vivo (humanos o extraterrestres) por los militares.

[6]​ El "Source" en el título del proyecto se eliminó más tarde cuando Valve le pidió al equipo que eliminara la palabra para «detener la confusión sobre si [era] un producto respaldado u oficial», que en ese momento no lo era.

La mayor parte del equipo estaba distribuida por todo el mundo y usaban la colaboración en línea para trabajar de forma remota, con algunas reuniones limitadas en persona.

Esta nueva versión incluía efectos de partículas más avanzados, animación facial acelerada por hardware y soporte para procesadores multinúcleo, entre otras mejoras.

[14]​ Montero dijo que luego decidieron revaluar el estado del proyecto, establecer barras más altas para la calidad del trabajo que querían producir, y comenzaron a retroceder a través de lo que ya habían hecho para mejorarlo, y en ese momento no estaban seguros de cuándo se completaría el proyecto.

Según Adam Engels, el líder del proyecto en la finalización de Black Mesa, Valve se había acercado a su equipo en esta época y les sugirió que hicieran de Black Mesa un lanzamiento comercial y, por lo tanto, obtuvieran una licencia para el motor Source.

[7]​ El equipo consideró esta opción, y dado que el acceso al motor Source completo ayudaría a hacer de Black Mesa el mejor videojuego posible, optaron por la ruta comercial para poder pagar esa licencia, sin haber tenido la intención de sacar provecho del videojuego desde el principio.

[19]​ Posteriormente, algunos miembros del equipo fueron invitados a las oficinas de Valve en Bellevue, Washington, en 2015.

[7]​ En este punto en 2013, el equipo advirtió que una versión final todavía estaba a cierta distancia ya que todavía estaban lidiando con el motor Source actualizado, y aún no habían hecho mucho con Xen.

[19]​ Crowbar Collective continuó ofreciendo la versión gratuita de Black Mesa basada en el motor Source anterior en su sitio web.

[7]​ El lanzamiento de la parte Xen del juego había sido lo más difícil, ya que el equipo quería rediseñar los niveles para superar su pobre percepción que tenían en el lanzamiento original de Half-Life.

[2]​ Finalmente, el equipo amplió a Xen de una experiencia de aproximadamente una hora en el Half-Life original a cuatro horas en Black Mesa[2]​ Además de reelaborar a Xen desde cero, a medida que los miembros del equipo se acercaban al lanzamiento, reconocieron que veían el videojuego más como una entrada para nuevos jugadores en la serie Half-Life, y trabajaron para presentar diseños y características que serían más apropiados para una década desde el lanzamiento de Half-Life.

[2]​ El equipo también quiere incorporar soporte para Steam Workshop para que otros jugadores puedan agregar sus propios mods al videojuego.

Más tarde, Crowbar Collective contrató a Kemp para rehacer Surface Tension Uncut para el lanzamiento en Steam, mientras que la versión sin cortar de "On a Rail" se publicó en Steam Workshop.

[35]​ Más tarde, las 2 modificaciones se añadieron a la versión final del juego, publicada en 2020.

Valve publicó una actualización de noticias sobre el mod en Steam en 2007 diciendo que «Estamos tan ansiosos por jugar [Black Mesa] aquí como todos los demás».

Se dijo que los cambios "sutiles" con respecto al Half-Life original tenían un impacto general "sustancial".

[52]​ Black Mesa ganó el premio "Mod of the Year" de ModDB en 2012.

[53]​[54]​ En 2014, Black Mesa fue nombrado por PC Gamer para el "Top diez de los mejores clásicos rehechos por fanáticos que puedes jugar gratis ahora mismo".