Hecho prisionero en la cárcel, Vidaurri figuró como escribano oficial, y más tarde ejercería ese mismo oficio en la Secretaría de Gobierno.
Doce años después, el gobernador Agapito García Dávila designó a Vidaurri secretario por la entidad ante la junta que se celebró en Saltillo para coordinar las fuerzas de Tamaulipas, Coahuila, Zacatecas y Nuevo León en un plan de seguridad y defensa contra los ataques constantes de las tribus nómadas y filibusteros norteamericanos.
Durante la Revolución de Ayutla, Vidaurri sostuvo varias juntas secretas con Antonio Rosales y otros liberales.
Con esa bandera se dirigió a Monterrey y el 23 de mayo, una vez apoderado de la capital neoleonesa, se declaró gobernador y comandante general del Estado.
El presidente Ignacio Comonfort ordenó a Vidaurri renunciar, pero después de un breve conflicto armado se llegó a un acuerdo en donde Vidaurri se comprometía a realizar un plebiscito para la aprobación de la unión en un solo estado de Coahuila y Nuevo León y respetar el resultado.
Santiago Vidaurri se retiró entonces a la ciudad de Monterrey, donde continuó gobernando la entidad, y dejó el mando del Ejército del Norte al general Juan Zuazua, su brazo armado.
Mariano Escobedo e Ignacio Zaragoza desconocieron entonces a Vidaurri y, por órdenes del ministro de Guerra Santos Degollado, marcharon hacia Monterrey para destituir al gobernador.
Fue así que el general José Silvestre Aramberri asumió el mando político y militar del Estado; luego gobernó el licenciado Domingo Martínez, aunque durante muy pocos meses porque para abril de 1860 Vidaurri había sido elegido nuevamente gobernador de Nuevo León.
Vidaurri se opuso argumentando que eso “le traería la ruina al estado” y de pasada le indicó a Benito Juárez que el Dinero de Nuevo León, se requería para la defensa contra las bandas de apaches y comanches que asolaban a la nación neolonesa.
Tras estos hechos, el gobierno de la República desconoció su administración y Vidaurri, en su afán por conservar el poder, entabló una cruenta batalla contra las tropas juaristas, las cuales terminaron por derrotarlo.
Durante este periodo fue designado consejero imperial y llegó a ser ministro de Hacienda.
Cuando el monarca francés Napoleón III colapsó y el emperador Maximiliano fue capturado, Vidaurri huyó a la Ciudad de México.
Sobrevivió la derrota francesa y apoyó su alianza con Juárez durante la restauración de la República (1867-1876).
Ahí, Porfirio Díaz dio un plazo para que se entregaran y fueran juzgados quienes habían servido al Imperio; de lo contrario, serían pasados por las armas.