Tras la guerra continuó sirviendo en la guardia nacional de Tamaulipas combatiendo en acciones de guerra locales como campañas contra filibusteros texanos y contra las tribus insurrectas que le permitió el ascenso a teniente coronel en 1854.

Tras el golpe de Estado de Félix Zuloaga permaneció fiel al nuevo gobierno de Benito Juárez y militó en el bando liberal durante la Guerra de Reforma, combatiendo en la Batalla de Lomas Largas, en el asedio a Monterrey, donde fue hecho prisionero por los conservadores fugándose posteriormente y en el ataque a Zacatecas bajo las órdenes del general Juan Zuazua, así como en los ataques a San Luis Potosí y a Guadalajara en 1858: en premio a esta última acción recibió el ascenso a general de brigada en noviembre de ese mismo año.

Continuó combatiendo a los conservadores en el Bajío y luego en el norte del país: en mayo de 1859 fue derrotado en la La Flor, Durango por el jefe conservador Domingo Cajén, en dicha acción resultó herido en una pierna y como resultado sufrió de cojera el resto de su vida.

Pasó al servicio activo teniendo el mando de diferentes cuerpos militares, participó en la defensa de la ciudad de Puebla de Zaragoza sitiada por las tropas francesas y que hubo de rendirse en 1863, cayendo prisionero de los invasores logró fugarse cuando era trasladado a Veracruz y se dirigió al norte a incorporarse a las fuerzas juaristas; al ocurrir el rompimiento del cacique neoleonés Santiago Vidaurri con Benito Juárez momentáneamente tomó partido por Vidaurri, sin embargo pronto reconsideró su decisión y reafirmó su lealtad escoltando a la familia de Benito Juárez hasta el territorio de Texas.

Durante su gubernatura ocurrió un hecho sin precedente en la historia política de Chihuahua y que fue el hecho de haber sido aprehendido y puesto en prisión por orden del jefe político del cantón Iturbide José González Salas sin respetar su fuero constitucional como gobernador y como resultado de una denuncia por lesiones en su contra puesta por el periodista Tomás Cordero Zuza, que era opositor a Hinojosa y al que éste había dado un bastonazo en la cabeza al encontrárselo en la Plaza Hidalgo de la ciudad de Chihuahua, permaneció en prisión hasta que fue presentado un amparo federal a su favor y finalmente se siguió un juicio en el que a la postre resultó inocente.