Era hermano de Gertrudis, Teresa, Ramón, José Ignacio, Salvador, Francisco, Ana Joaquina, Manuel y María Josefa Holguín Sánchez.

Salvador se casó con María Josefa Cabal, la cuñada de su hermana Gertrudis y prima del prócer Cabal; Ana Joaquina se casó con Manuel José Grueso; Manuel con Jerónima Rodríguez; y María Josefa con José Ignacio Barberi.

Vicente, su octavo hijo, se casó con Mercedes Larrabure y Unanue; Eduardo, el noveno, con María Ana Byrne, cuñada de su hermano Ernesto Holguín.

Enrique, el undécimo hijo, se casó con María Jesús Lloreda[9]​, con quien tuvo a Mercedes (que se casó con su primo segundo Hernando -hijo de Carlos Holguín-), Jorge (casado con su prima segunda Catalina- hermana de Hernando Holguín); Carlos, padre del político Carlos Holguín Sardi; Guillermo; Amalia, cuñada del médico Pablo Borrero Ayerbe; Ignacio, casado con una de sus primas de la familia Lloreda; Isabel; María; Dolores; Alfonso; Alberto, padre del empresario Germán Holguín Zamorano; y Gustavo Holguín Lloreda.

Eusebia fue la madre de Carolina Ortiz Holguín, esposa del político y abogado Froilán Largacha (cercano al general Tomás Cipriano de Mosquera[8]​), quien a su vez era tío materno del militar y político liberal Julián Trujillo Largacha.